La Coppa delle Coppe 1978-1979 è stata la 4ª edizione della omonima competizione europea di pallamano riservata alle squadre di club. Il torneo ha avuto inizio il 15 ottobre 1978 e si è concluso il 13 maggio 1979. Il titolo è stato conquistato dai tedeschi del Gummersbach per la seconda volta nella loro storia sconfiggendo in finale i tedesco orientali del Magdeburgo. Il Gummersbach, vincendo il trofeo, ha ottenuto anche il diritto a partecipare al Champions Trophy 1979.
^Fu disputata solo la gara di andata perché l'Halewood Forum non trovò una data per la disputa della partita di ritorno.
^Dopo il ritorno degli ottavi di finale a Ystad, i giocatori del Víkingur si sono resi responsabili di atti di vandalismo. Successivamente il club è stato escluso dalla competizione dall'IHF per motivi disciplinari.