Le squadre partecipanti sono 10: si incontrano tra di loro in due turni di andata e due di ritorno, per un totale di 36 match. La prima classificata è promossa direttamente in Meistriliiga, la seconda effettua un play-off di spareggio con la penultima (nona) della Meistriliiga. Le ultime due classificate retrocedono in Esiliiga B, mentre la terzultima (ottava) disputa un play-out di spareggio contro la terza di Esiliiga B.
Nel campionato militano diverse seconde squadre di formazioni partecipanti alla Meistriliiga: a queste non è chiaramente consentita la promozione diretta o l'accesso ai play-off. In caso di retrocessione della prima squadra dalla categoria superiore, la seconda squadra viene relegata d'ufficio in Esiliiga B.
La stagione comincia a marzo e finisce a novembre.
Storia
Il campionato è stato fondato nel 1992, con l'indipendenza dell'Estonia.
Dopo una prima stagione giocata con l'anno solare, dal 1992-1993 al 1997-1998 si è seguito il formato europeo dei campionati, per poi tornare al formato annuale dal 1998 in poi.
Il formato è cambiato nel 2005, quando fu modificata anche la Meistriliiga: da allora ha la struttura attuale.
^Alcune di esse hanno cambiato denominazione nel corso degli anni e viene riportato solo il nome attuale.
^Non fu promossa in quanto sconfitta allo spareggio contro la terzultima di Meistriliiga.
^abcdFu effettuato un girone di play-off tra le prime quattro squadre di Esiliiga e le ultime due di Meistriliiga: le prime due furono promosse/rimasero in Meistriliiga.
^Non fu promosso in quanto finì terzo nel girone di play-off
^A fine stagione, il Lelle acquisì il titolo sportivo del Tervis Pärnu e ne prese posto in Meistriliiga.
^Non fu promossa in quanto fu esclusa dai play-off per problemi finanziari.
^abA fine stagione il Tulevik Viljandi acquisì il titolo sportivo del Lelle SK e ne prese il posto in Meistriliiga. Allo stesso tempo il FC Lelle acquisì il titolo sportivo del Vall Tallinn, ne prese il posto in Meistriliiga e cambiò a sua volta il nome in Lelle SK. Il Vall Tallinn ripartì dall'Esiliiga.
^Non fu promossa in quanto finì terza nei play-off.
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