La FA Cup 1945–46 fu la 65ª edizione del più antico torneo a eliminazione calcistico del mondo, la Football Association Challenge Cup, generalmente chiamata FA Cup, e il primo dopo la Seconda guerra mondiale. Dato il più agevole e gestibile formato ad eliminazione, fu possibile fin da questa annata ricominciare la coppa, a differenza del campionato che ancora non fu disputato. Il Derby County fu il vincitore, battendo il Charlton Athletic 4 a 1 dopo un tempo supplementare nella finale giocata allo stadio Wembley di Londra.
A questa fase del torneo 43 squadre di Terza Divisione Nord e Terza Divisione Sud diventarono le prime 25 squadre non professionistiche a partecipare alle qualificazione della FA Cup.
Il primo incontro fu giocato sabato 17 novembre 1945 e il ritorno si fece sabato 24 novembre 1945. Non fu necessario nessuno spareggio.
In questa fase della coppa entrarono anche i club di prima e seconda divisione.
Il primo incontro fu giocato sabato 5 gennaio 1946 e i ritorni iniziarono lunedì 7 gennaio 1946. Furono necessari due spareggi entrambi giocati mercoledì 16 gennaio 1946.
Il primo incontro fu giocato sabato 26 gennaio 1946 e i ritorni iniziarono lunedì 28 gennaio 1946. Fu necessario uno spareggio, giocato il 4 febbraio 1946.
La finale si giocò sabato 27 aprile 1946 al Wembley è finì 4–1 per il Derby County dopo un tempo supplementare. Bert Turner aprì le marcature con un autogoal all'85', al quale riparò egli stesso un minuto dopo siglando l'1-1. Un gol di Peter Doherty e due di Jack Stamps completarono la vittoria del Derby County.
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