Istituita nel 1997, dalla fine degli anni duemiadieci la squadra è riuscita crescere di competitività prevalendo infine sul Pärnu JK che aveva monopolizzato il campionato nella prima parte del decennio, assicurandosi tra il 2018 e il 2020 il titolo di Campione d'Estonia e il conseguente accesso alla UEFA Women's Champions League; a questi si aggiungono 6 Coppe d'Estonia e 5 Supercoppe estoni.
Il Flora gioca le partite casalinghe alla A. Le Coq Arena di Tallinn, nel distretto di Kesklinn (sub-distretto di Kitseküla). L'impianto, situato sulla stessa area del preesistente Lilleküla Stadium, è stato inaugurato nel 2001 e dal 2019 è condiviso col Levadia Tallinn. Ad oggi è il principale stadio dell'Estonia e ha una capienza di 14 336 posti.[1]