Il club venne fondato nel 1923 come Metallist Lugansk[2]. Nel corso degli anni ha cambiato denominazione in Dzeržinec, Trudovye Rezervy e Avangard, finché nel 1957 è tornato alla denominazione di Trudovye Rezervy associato al nome della città di Vorošilovgrad, che nel 1959 tornò a chiamarsi Lugansk[2]. Dal 1957 ha militato in Klass B, seconda serie del campionato sovietico. Nel 1964 ha cambiato denominazione in Zarja e nel 1966 ha prima concluso al primo posto il gruppo 2 della Vtoraja Gruppa A e successivamente vinto gli spareggi promozione, raggiungendo la Pervaja Gruppa A, massima serie del campionato sovietico, per la prima volta nella sua storia[2][3].
Ha militato nella Vysšaja Liga sovietica per dodici stagioni consecutive, culminate con la vittoria del campionato e del titolo di campione dell'Unione Sovietica nella stagione 1972. Nel 1972 la squadra, allenata da German Zonin, andò in testa alla classifica sin dalla prima giornata e vi rimase fino alla fine, resistendo agli assalti delle dirette concorrenti al titolo e distanziando di cinque punti la Dinamo Kiev e la Dinamo Tbilisi, e diventando la prima squadra di una città non capitale di una delle repubbliche sovietiche a vincere il titolo[4][5]. Inoltre, buona parte della squadra dello Zarja, incluso l'allenatore, rappresentarono l'ossatura della nazionale sovietica, che nello stesso anno partecipò a un torneo per festeggiare i 150 anni dalla nascita del Brasile[5].
Nel 1991 il club cambiò denominazione in Zorja secondo la dizione ucraina e dopo la dissoluzione dell'Unione Sovietica e la soppressione del campionato sovietico, il club si iscrisse al campionato ucraino di calcio. Nel 1992 il club cambiò nuovamente denominazione in Zorja-MALS dopo un accordo di sponsorizzazione che salvò il club dal fallimento, potendo così partecipare alla prima edizione della Vyšča Liha, chiusa al settimo posto[2][5]. Nel 1995 la sponsorizzazione venne meno, il club tornò a chiamarsi Zorja e, nuovamente sull'orlo del fallimento, concluse la Vyšča Liha 1995-1996 al diciottesimo ed ultimo posto, retrocedendo in Perša Liha[5]. Disputò le dieci stagioni successive nella seconda e nella terza serie nazionale, finché nel 2006 vinse il campionato di Perša Liha e venne promosso in massima serie[5]. Dopo diverse stagioni concluse nella seconda metà della classifica, nella stagione 2013-2014 lo Zorja concluse il campionato al settimo posto e guadagno l'accesso per la prima volta alla UEFA Europa League, grazie all'esclusione dalla competizione del Metalurh Donec'k da parte della UEFA. La prima partecipazione dello Zorja alla UEFA Europa League si concluse ai play-off con l'eliminazione ad opera del Feyenoord.
Nella fase a gironi della UEFA Europa League 2017-2018 è stato sorteggiato nel girone assieme ad Atletic Bilbao, Hertha Berlino e Östersund, concludendo al terzo posto con 6 punti frutto di due vittorie (inclusa la vittoria allo stadio di San Mamés a Bilbao per 1-0) e quattro sconfitte, venendo eliminato dalla competizione. Nella stagione successiva ha preso parte ai preliminari della UEFA Europa League: nel terzo turno ha eliminato i portoghesi del Braga con la regola dei gol in trasferta dopo due pareggi, mentre negli spareggi per l'accesso alla fase a gironi è stato eliminato dal RB Lipsia per la rete decisiva subita nei minuti di recupero della gara di ritorno.
Cronistoria
Cronistoria del Futbol'nyj Klub Zorja Luhans'k
1923 - Fondazione del Metallist Lugansk.
...
1934 - Cambio di denominazione in Metallist Vorošilovgrad.
...
1937 - Cambio di denominazione in Dzeržinec Vorošilovgrad.