Pilastro del centrocampo della nazionale statunitense per la maggior parte degli anni '90, Harkes è apparso in due tornei della Coppa del Mondo FIFA. È stato nominato "Capitano a vita" della squadra dall'allora capo allenatore Steve Sampson prima che quel titolo gli venisse tolto prima del Coppa del Mondo FIFA 1998. Harkes ha concluso la sua carriera in nazionale con 90 presenze e 6 gol.
Dopo il suo ritiro, ha lavorato come commentatore di partite internazionali della MLS e degli Stati Uniti, inclusa la Coppa del Mondo FIFA 2010.
Harkes si è diplomato alla Kearny High School nella sua città natale a Kearny, nel New Jersey. Entrambi i genitori di Harkes sono immigrati scozzesi; suo padre Jim è originario di Dundee, ed era un giocatore della squadra giovanile del Dundee United. In gioventù Harkes ha giocato per la squadra della scuola nella New Jersey State Interscholastic Athletic Association. Dal 1985 al 1989 ha frequentato l'Università della Virginia nel periodo in cui Bruce Arena allenava la squadra di football dell'università. È il padre di Ian Harkes, a sua volta calciatore.[1]