L'edizione 1938-1939 del Lietuvos Lyga fu la 18ª del massimo campionato di calcio lituano; il campionato fu vinto dal LGSF Kaunas, giunto al suo primo titolo.
Il numero di squadre scese a 8: queste ultime si incontrarono in gare di andata e ritorno per un totale di 14 turni, ma il Švyturys Klaipėda fu costretto al ritiro a causa dell'invasione tedesca del Territorio di Memel, per cui furono di fatto disputati solo 13 incontri per squadra. Erano assegnati due punti alla vittoria, un punto al pareggio e zero per la sconfitta.
Classifica finale
Note
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