L'edizione 1939-1940 della Lietuvos Lyga fu la 19ª del massimo campionato di calcio lituano; il campionato non fu portato a termine.
Inizialmente disputato in un girone unico, il campionato fu interrotto al termine del girone d'andata (fase autunnale). In seguito fu ripreso in primavera e disputato in gironi divisi su base regionale, ma anche questa seconda fase non fu portata a termine.
Fase autunnale
Classifica finale
Prima fase
Girone di Kaunas
Girone di Samogizia
Girone di Ukmergė
Non sono noti i risultati.
Girone di Panevėžys
Non sono noti i risultati.
Girone di Marijampolė
Non sono noti i risultati.
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