A pochi anni di età, Mafalda che era stata battezzata col nome della nonna, Mafalda di Savoia, rimase orfana della madre, Dolce, morta nel 1198[2].
Nel 1209, suo padre, Sancho I, redasse un testamento in cui dichiarò suo successore il figlio, Alfonso e stabilì lasciti per tutti gli altri figli, legittimi ed illegittimi, tra cui Mafalda (Reginæ Donna Maphalda)[8].
Alla morte del padre, nel 1211, Mafalda ricevette in eredità il castello di Seia, distretto di Guarda, unitamente alla città, con le relative rendite[9]. Ma il nuovo re, Alfonso II, rifiutava di consegnargliela, così come rifiutava di consegnare terre e città anche alle altre due sorelle, Sancha e Teresa. Alfonso temeva che, una volta riconosciuto il diritto di proprietà alle sorelle, eventuali eredi avrebbero poi potuto succedere loro e spezzare l'unità del regno.
Da questo fatto nacque una disputa tra il re e le tre sorelle, che avevano l'appoggio di buona parte della nobiltà; la disputa portò ad un conflitto che vide vincitore il re sui nobili ribelli. La crisi fu risolta, alla morte di Alfonso, nel 1223, dal suo successore, Sancho II, che consentì alle zie di ricevere le rendite, pur mantenendo il controllo di castelli e città.
Dopo la separazione dal marito, Mafalda divenne signora di Arouca, dove fondò l'abbazia di Arouca[2], e dopo essere rimasta vedova, come le due sorelle maggiori, Sancha e Teresa si fece monaca cisterciense[12].
Mafalda morì il 1º maggio del 1256 nel monastero di Rio Tinto ad Amarante, nel distretto di Porto, dove fu inumata. Più tardi il suo corpo fu riesumato, per essere traslato nell'abbazia di Arouca, dove voleva essere tumulata come da suo testamento[13].
Il corpo fu riesumato nel 1517 e fu trovato intatto e la cosa generò un forte movimento di devozione per la principessa portoghese[12].
Culto
Il 27 giugno 1793 Mafalda fu beatificata da papa Pio VI, riunendola così alle sorelle Teresa e Sancha, beatificate all'inizio dello stesso secolo[12].
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