Deriva dal nome maschile antico galleseMorcant, composto da mor, che significa forse "mare", e da un secondo elemento di origine incerta[2] (forse cant, "circolo", "cerchio"[1], quindi "cerchio del mare"). Da Morcant si è poi sviluppato in Morgant e quindi in Morgan[2].
Originariamente era usato esclusivamente al maschile, e godeva di media popolarità in Galles nel Medioevo[2]. Dagli anni 1980, negli Stati Uniti si è diffuso considerevolmente il suo uso al femminile, forse grazie alla fama della Fata Morgana (Morgan le Fay in inglese) o a quella dell'attrice Morgan Fairchild[1]; in Galles invece è ancora considerato unicamente maschile[2] (stessa situazione che ha anche il nome Meredith).
Storicamente, Morgan è stato oggetto di molta confusione: ad esempio, durante il periodo Puritano, il significato veniva indicato erroneamente con "nato dal mare" (che è invece quello del nome Morien), e veniva quindi usato per tradurre il nome Pelagio (che ha appunto un significato analogo) nel Libro delle preghiere comuni[2]. Nonostante la somiglianza, non è correlato ai nomi Mórrígan, Muirghein e Morgen[2]. In particolare, Morgen risulta essere quasi identico a Morgan; tuttavia, nel periodo in cui il primo era scritto Morgen, il secondo era scritto Morcant, e quando il secondo era scritto Morgan il primo era invece Morien[2][4].
La situazione venne ulteriormente confusa da Goffredo di Monmouth nel XII secolo: Monmouth, per scrivere le sue cronache storico-leggendarie, riutilizzava nomi antichi senza curarsi della loro origine, del loro genere e modificandone la scrittura[2]. Per la sua Vita Merlini riciclò quindi il già citato nome Morgen (dall'irlandeseMuirgen[4], che significa in gaelico "nato dal mare"[5] o "abitante del mare"[2][6]), utilizzandolo al femminile per il personaggio di Morgen (o Morgan) le Fay[2][4], la "Fata Morgana"; casi analoghi a questo sono quelli dei nomi Cordelia, Rowena e Guendalina, anch'essi "nati" dalla penna di Monmouth. Una volta che le sue opere raggiunsero la Francia ogni possibile connessione con la pronuncia originaria andò persa ed il nome venne cambiato in Morgain e più tardi in Morgaine[2].
L'italiano Morgana, in conclusione, può egualmente essere un adattamento del franceseMorgaine o una femminilizzazione del maschile Morgan[2].