La nazionale honduregna si è qualificata per tre volte per la fase finale del coppa del mondo, nel 1982, nel 2010 e nel 2014. Si è qualificata per i Giochi Olimpici due volte, a Sydney 2000 e a Pechino 2008. In entrambe le occasioni la squadra centro-americana è stata sorteggiata nello stesso girone dell'Italia, contro la quale ha perso la prima volta per 3-1 e la seconda per 3-0.
La nazionale honduregna esordì nel 1921 contro il Guatemala a Città del Guatemala, dove perse per 9-0 in una partita valida per i Giochi del Centenario dell'Indipendenza dell'America centrale[2].
I buoni risultati della squadra proseguirono nel 1985, con il secondo posto nel campionato CONCACAF, dove perse in finale (2-1) contro il Canada.
Nel 1991 la squadra fu finalista di CONCACAF Gold Cup, dove perse la finale contro gli Stati Uniti padroni di casa. Qualche anno dopo non riuscì ad accedere all'ultimo turno di qualificazione CONCACAF (il cosiddetto "esagonale", perché composto da sei squadre) per il campionato del mondo 1998, perché fu eliminato dalla Giamaica, che si assicurò il passaggio al turno finale a sei squadre pareggiando a reti bianche in Honduras.
Negli anni 2000 la nazionale inizia ad affacciarsi più insistentemente sul palcoscenico internazionale, ottenendo ottimi risultati nelle varie edizioni della CONCACAF Gold Cup. Inoltre, nel 2001 si rende protagonista di un'ottima prestazione alla Copa América: nonostante l'iniziale sconfitta per 1-0 contro la Costa Rica riesce a superare il girone battendo per 2-0 la Bolivia e per 1-0 l'Uruguay, qualificandosi agli ottavi di finale. Qui, a gran sorpresa riesce a prevalere sul Brasile con un 2-0, ottenendo l'accesso ai quarti di finale. Verrà tuttavia eliminata al turno successivo dalla Colombia - che si laureerà poi vincitrice del campionato nazionale - con una sconfitta per 2-0. Alla finalina per il terzo-quarto posto riesce a ottenere il bronzo nella sfida con l'Uruguay, pareggiando per 2-2 e ottenendo la vittoria ai rigori con il risultato di 5-4. Successivamente fallisce la qualificazione al mondiale del 2002 e a quello del 2006: la qualificazione al campionato del mondo 2002 sfumò nel turno finale a sei squadre a causa di due sconfitte nelle ultime due partite contro Trinidad e Tobago (contro cui gli honduregni colpirono ben sette pali) e Messico; in quella dei Mondiali 2006, finì invece al terzo posto del gruppo 2 del secondo turno, dietro a Guatemala e Costa Rica.
La nazionale honduregna si qualificò per il mondiale 2010, dove fu assegnata al gruppo H insieme a Svizzera, Spagna e Cile; ottenne solo un pareggio, contro la Svizzera, e terminò il torneo con un solo punto senza neanche segnare un gol.
La nazionale si qualificò poi per il mondiale in Brasile del 2014 arrivando al terzo posto nel girone di qualificazione, davanti anche al Messico. Per la prima volta nella sua storia la nazionale honduregna si qualificò per due volte consecutive alla fase finale di un mondiale di calcio, dimostrando i progressi compiuti nell'ultimo decennio. Anche questa volta andò però male all'Honduras, che finì di nuovo ultimo e stavolta senza punti nel girone E, finendo eliminata insieme all'Ecuador mentre Francia e Svizzera si qualificarono agli ottavi.
La nazionale honduregna mancò la qualificazione al campionato del mondo 2018: qualificatasi per lo spareggio interzona contro l'Australia, pareggiò per 0-0 la partita di andata a Tegucigalpa e fu battuta per 3-1 a Sydney. Nella CONCACAF Nations League 2019-2020 ottenne il terzo posto, ma, in occasione delle qualificazioni al campionato del mondo 2022, per la prima volta non riuscì a vincere neanche una partita nel terzo turno delle eliminatorie CONCACAF, rimanendo ancora una volta fuori dalla fase finale del torneo.
L'Honduras vive una forte contrapposizione calcistica con El Salvador: lo spareggio per le qualificazioni ai campionato mondiale del 1970 tra le due nazionali fu la scintilla che degenerò nella cosiddetta "guerra del calcio", sebbene le vere cause del conflitto fossero oggettivamente di diversa natura.
^(EN) Honduras - Association Information, su fifa.com, FIFA. URL consultato il 15 novembre 2017 (archiviato dall'url originale il 13 ottobre 2018).
^Come da regolamento FIFA vengono considerate le sole edizioni comprese tra il 1908 ed il 1948 in quanto sono le uniche ad essere state disputate dalle Nazionali maggiori. Per maggiori informazioni si invita a visionare questa pagina.
^esclusa a causa della Guerra del calcio contro El Salvador