Nobilegaliziano, Fernandez de Castro successe a Juan Alonso Pimentel de Herrera nel 1608 come Viceré di Napoli; egli continuò la politica nazionale del suo predecessore. Ordinò la ricostruzione dell'Università dei Regi Studi finanziando i lavori di ristrutturazione del nuovo edificio e rimodernando il sistema dell'insegnamento e delle cattedre. Fiorì sotto la sua reggenza l'Accademia degli Oziosi, a cui aderirono fra gli altri il Marino e il Della Porta. Costruì il collegio dei Gesuiti, intitolato a san Francesco Saverio, e un complesso di fabbriche presso porta Nolana.
In Terra di Lavoro iniziò le prime opere di bonifica della pianura del Volturno, affidando al Fontana il progetto dei Regi Lagni, l'opera di canalizzazione delle acque del fiume Clanio tra Castel Volturno e Villa Literno, laddove fino ad allora paludi e laghi costieri (Lago Patria) avevano reso il litorale campano un'area malsana e spopolata.
Una targa commemorativa della costruzione dei Regi Lagni e della bonifica della Terra di Lavoro presso Capua (Ponte a Selice) recita:
(LA)
«Philippo III. Rege. D. Petrus Fernandez de Castro Lemens Com. Pror. veteres aquarum euripos tortuosos implicitosque, et illuvie obstructos, spemque omnem messis aquis innatantibus obruentes altius excavatos ac directos connexosque cum novis ad quantam libet aquam egerendam frugi solertia explicuit: alveumque nuper cum labore effossum audaci in mediterraneum victor intulit, ut vasta palus frugibus nitescat sentiatque Parthenope copiae auctorem suae. Anno MDCXVI[1]»
(IT)
«Sotto il regno di Filippo III, don Pedro Fernandez de Castro, conte di Lemos, viceré, bonificò con successo gli antichi e tortuosi canali di scolo delle acque, e quelli ostruiti dalla melma, dopo averli scavati e aver disposto più in alto quelli che sommergevano con acque non navigabili ogni speranza di avere una produzione agricola, e dunque collegati con (dei) nuovi (canali) secondo la quantità di acque irrigue di cui necessita l'agricoltura: più recentemente incanalò vittorioso il bacino verso il Mediterraneo con un lavoro audace, perché la vasta palude rifiorisca di messi e Napoli riconosca il promotore della sua ricchezza. Nell'anno 1616»
(Targa commemorativa presso Capua (Ponte a Selice) della costruzione dei Regi Lagni e della bonifica della Terra di Lavoro)
^L'iscrizione è riportata, con modeste differenze, sia dal canonico Domenico Lanna nei suoi Frammenti storici di Caivano, Giugliano, Donadio, 1903, cap. VIII (consultabile anche on line nella ristampa curata dall'Istituto di Studi Atellani, Caivano, Comune, 1997), sia dal cavalier Michele Tenore nella sua Relazione del viaggio fatto in alcuni luoghi di Abruzzo Citeriore nella state del 1831, Napoli, Tizzano, 1832, p. 9 (consultabile anche su Google Libri).
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