Le sedici squadre partecipanti si sono affrontate in un girone all'italiana con partite di andata e ritorno per un totale di 30 giornate. La prima classificata al termine della stagione regolare era designata campione di Russia e ammessa al terzo turno di qualificazione della UEFA Champions League 2006-2007, mentre la seconda classificata veniva ammessa al secondo turno di qualificazione della UEFA Champions League. La terza classificata veniva ammessa in Coppa UEFA 2006-2007, assieme alla vincitrice della Coppa di Russia. Un ulteriore posto venne assegnato per la partecipazione alla Coppa Intertoto 2006. Le ultime due classificate erano retrocesse in Pervyj divizion.
Tre punti a vittoria, uno a pareggio, zero a sconfitta.
Il Terek Groznyj ha scontato 6 punti di penalizzazione per non aver adempiuto agli obblighi fiscali nell'acquisto di Ognjen Koroman dal Kryl'ja Sovetov Samara[3].