Le dieci squadre partecipanti si incontrarono tra di loro quattro volte (due in casa e due in trasferta) per un totale di 36 incontri per squadra); venivano assegnati tre punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta.
Al termine della stagione regolare l'ultima classificata fu retrocessa in Esiliiga, mentre la penultima giocò uno spareggio con la seconda classificata della Esiliiga 2006[1].
Kalev Tallinn promossa per la regola dei gol fuori casa, Tulevik Viljandi retrocesso in Esiliiga[5]. In seguito entrambe le partite furono assegnate a tavolino 3–0 al Kalev Tallinn, dato che il Tulevik Viljandi schierò un giocatore irregolarmente.
^Come seconda è da intendersi la seconda in classifica promuovibile, dato che nella serie giocavano diverse formazioni riserve che non potevano ottenere l'accesso in massima serie