Il detentore era il Rijeka, che in questa edizione fu eliminato in semifinale.
Il trofeo fu vinto dalla Dinamo Zagabria, al suo ottavo titolo nella competizione[1], la quindicesima coppa nazionale contando anche le sette della Coppa di Jugoslavia.
Alla competizione parteciparono le migliori squadre delle divisioni superiori, con la formula dell'eliminazione diretta. I primi turni erano a gara singola, mentre quarti, semifinali e finale erano ad andata e ritorno.
Al turno preliminare accedono le squadre provenienti dalle Županijski kupovi (le coppe regionali): le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col maggior numero di partecipanti.
Le prime 16 squadre del ranking quinquennale di coppa (63 punti alla vincitrice della coppa, 31 alla finalista, 15 alle semifinaliste, 7 a quelle che hanno raggiunto i quarti, 3 a quelle eliminate agli ottavi, 1 se eliminate ai sedicesimi) sono ammesse di diritto ai sedicesimi di finale.
Ammesse di diritto ai sedicesimi di finale
Le prime 16 squadre (coi punti) del ranking 2000-2005 entrano di diritto nei sedicesimi della Coppa 2006-07:
Le Županijski kupovi (le coppe regionali) 2005-2006[2] hanno qualificato le 32 squadre (segnate in giallo) che partecipano al turno preliminare della Coppa di Croazia 2006-07. Si qualificano le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col più alto numero di partecipanti.
Il Konavljanin Čilipi (terza divisione) è stato vicino a compiere l'impresa di eliminare i detentori in carica del Rijeka. In vantaggio per 2–0 nella gara di ritorno, il Konavljanin ha subito la rete dell'eliminazione al 93º minuto ad opera del portiere ospite Dragan Žilić, salito a tentare il tutto per tutto.[3] I tifosi ospiti hanno potuto assistere soltanto agli ultimi 15 minuti della gara poiché hanno sono stati bloccati da un controllo molto accurato da parte dei doganieri bosniaci a Neum.[4]
