Il detentore era la Dinamo Zagabria, che in questa edizione si ripeté: fu il suo decimo (terzo consecutivo) titolo nella competizione[1], la sua diciassettesima coppa nazionale contando anche le sette della Coppa di Jugoslavia.
Alla competizione parteciparono le migliori squadre delle divisioni superiori, con la formula dell'eliminazione diretta. I primi turni erano a gara singola, mentre quarti, semifinali e finale erano ad andata e ritorno.
Al turno preliminare accedono le squadre provenienti dalle Županijski kupovi (le coppe regionali): le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col maggior numero di partecipanti.
Le prime 16 squadre del ranking quinquennale di coppa (63 punti alla vincitrice della coppa, 31 alla finalista, 15 alle semifinaliste, 7 a quelle che hanno raggiunto i quarti, 3 a quelle eliminate agli ottavi, 1 se eliminate ai sedicesimi) sono ammesse di diritto ai sedicesimi di finale.
Ammesse di diritto ai sedicesimi di finale
Le prime 16 squadre (coi punti) del ranking 2002-2007 entrano di diritto nei sedicesimi della Coppa 2008-09:
Le Županijski kupovi (le coppe regionali) 2007-2008[2] hanno qualificato le 32 squadre (segnate in giallo) che partecipano al turno preliminare della Coppa di Croazia 2008-09. Si qualificano le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col più alto numero di partecipanti.
Sulla panchina dell'Inter Zaprešić sedeva l'allenatore in seconda Franjo Kučko, poiché a Milivoje Bračun era stata rubata l'auto prima di partire per la partita.[3]
Il Kamen Ingrad aveva cessato l'attività per bancarotta, quindi l'Oriolik Oriovac passò automaticamente il turno.[4]
