Alla competizione parteciparono le migliori squadre delle divisioni superiori, con la formula dell'eliminazione diretta. I primi turni erano a gara singola, mentre quarti, semifinali e finale erano ad andata e ritorno.
Al turno preliminare accedono le squadre provenienti dalle Županijski kupovi (le coppe regionali): le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col maggior numero di partecipanti.
Le prime 16 squadre del ranking quinquennale di coppa (63 punti alla vincitrice della coppa, 31 alla finalista, 15 alle semifinaliste, 7 a quelle che hanno raggiunto i quarti, 3 a quelle eliminate agli ottavi, 1 se eliminate ai sedicesimi) sono ammesse di diritto ai sedicesimi di finale.
Ammesse di diritto ai sedicesimi di finale
Le prime 16 squadre (coi punti) del ranking 2006-2011 entrano di diritto nei sedicesimi della Coppa 2012-13:
Le Županijski kupovi (le coppe regionali) 2011-2012[2] hanno qualificato le 32 squadre (segnate in giallo) che partecipano al turno preliminare della Coppa di Croazia 2012-13. Si qualificano le 21 vincitrici più le finaliste delle 11 coppe col più alto numero di partecipanti.
Gli accoppiamenti vengono eseguiti automaticamente attraverso il ranking del momento (32ª–1ª, 31ª–2ª, 30ª–3ª, etc) e sono stati resi noti il 30 agosto 2012.[6] Il Varaždin ha perso il diritto di competere in coppa a causa della retrocessione in ultima divisione nella stagione precedente[7], mentre il Karlovac ha chiuso la prima squadra a causa di problemi finanziari.[8]
Gli accoppiamenti vengono eseguiti automaticamente attraverso il ranking del momento (16ª–1ª, 15ª–2ª, 14ª–3ª, etc), viene sorteggiato il campo e sono stati resi noti il 26 settembre 2012.[9]
Nella partita Dinamo Zagabria–Zara, il quarto uomo Marko Matoc ha assunto il ruolo di arbitro principale al 77º minuto a causa dell'infortunio di Ivo Kreček.[10]
Gli abbinamenti sono stati eseguiti tramite sorteggio il 7 novembre 2012.[11]
Le gare fra Zelina e Hajduk sono state posticipate di una settimana poiché il 20 novembre era in programma un seminario, organizzato dalla HNS, per allenatori FIFA e UEFA a Spalato.
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