一般的に見られる病気のほとんどは汚染された飲料水と関連のある症状である。腸チフス、肝炎、赤痢、コレラ、様々なガンがこれに該当する。死因の多くは心血管疾患、呼吸器疾患、消化器疾患、感染症、寄生虫症となっている。ヒト免疫不全ウイルス (HIV) による国内のAIDS発症率は2002年以降急激に上昇しており、これは新政府の政策や薬物乱用の増加が原因として挙げられている。2004年に2,000件の新しい感染報告が見られた後、2005年には約5,600件の発症例が確認された。少なくとも感染例の3分の2は薬物使用との関わりが認められた。HIV感染者の国内分布において患者数が多いのはタシュケント及びアフガニスタンとの国境に近いスルハンダリヤ州の地域であった。ウズベキスタンを介した麻薬取引の拡大は都市部における薬物中毒者の増加につながっている。国内にはすでにHIVの治療及びカウンセリングを行う医療センターが設置されている[1]。