In de oorlog ging Bērziņš het leger in, waar hij krijgsgevangen werd gemaakt door de Duitsers. Nadat hij, nu in dienst van het Duitse leger, opnieuw krijgsgevangene is gemaakt door de Sovjets, werd hij veroordeeld tot tien jaar in een strafkamp. Toen hij in 1955 vrij kwam werd hij trainer van o.a. de latere wereldkampioeneLasma Kauniste. Vanwege zijn collaboratie met de nazi's bleef hij de rest van zijn leven een omstreden man. Pas na zijn dood en de onafhankelijkheid van Letland werd Alfons Bērziņš gerehabiliteerd.