Hij trouwde in 1926 met een studiegenoot, de pianiste Andrée Vaurabourg die later ook bekend werd als de docente contrapunt van Pierre Boulez aan het Parijse conservatorium. Ze woonden vrijwel hun gehele huwelijksleven, tot een jaar voor Honeggers dood, ieder in een eigen appartement, omdat hij rust en ruimte nodig had om te componeren. Hun dochter Pascale werd geboren in 1932. In het interbellum was Honegger erg productief: hij schreef onder andere negen balletten en drie opera's. Het dramatisch oratorium Jeanne d'Arc au Bûcher (1937/1944) wordt gezien als een van zijn beste werken.
Honegger heeft altijd contact gehouden met Zwitserland, maar toen de Tweede Wereldoorlog uitbrak en de Nazi's Frankrijk binnenvielen, kon hij Parijs niet verlaten. Hij zette zijn werk voort, maar er wordt verondersteld dat hij erg depressief raakte door de oorlog. Toch schreef hij tussen 1940 en zijn dood enkele symfonieën (nummer 2 tot en met 5), die nog vrij veel worden uitgevoerd.
Arthur Honegger kreeg in zomer 1947 een beroerte. Hij reisde af naar Mexico. Hij stierf op 27 november 1955 aan een hartaanval en werd begraven op het Cimetière Saint-Vincent in de Parijse wijk Montmartre.
Hoewel Honegger een lid was van de Groupe des Six, heeft zijn werk niet de voor deze groep karakteristieke speelsheid en eenvoud. Bovendien verzette Honegger zich - in tegenstelling tot de andere leden - niet tegen het romanticisme van Richard Wagner en Richard Strauss, maar werd op latere leeftijd zelfs door deze componisten beïnvloed.
Stewart Gordon: French Keyboard Music of the Early Twentieth Century, in: A History of Keyboard Literature. Music for the Piano and its Forerunners, New York: Schirmer Books, 1996, 566 p., ISBN 978-0-534-25197-0
Peter W. Schatt: "Jazz" in der Kunstmusik. Studien zur Funktion afro-amerikanischer Musik in Kompositionen des 20. Jahrhunderts (= Perspektiven zur Musikpädagogik und Musikwissenschaft Bd. 18, hg. v. W. Gieseler, S. Helms und R. Schneider), Regensburg: Gustav Bosse Verlag, 1995. 228 p. ISBN 3-7649-2476-4
Gerhard Schepelern: Personregister, in: Operaens historie i Danmark 1634-1975, Kobenhaven: Rosinante, 1995, 366 p., ISBN 978-87-16-14112-5
Alain Lacombe, Francois Porcile: Les musiques du cinema français, Paris: Bordas, 1995, 328 p., ISBN 2-04-019792-3
Pierre Hugli: Musique et cinema, Revue Musicale de Suisse Romande N3:19+ Sep 1995
Jane F. Fulcher: Musical style, meaning, and politics in France on the eve of the Second World War, Journal of Musicology: 13:425-53 N4 1995
C. Capacci: 100 ans de cinema: Honegger, Jaubert, Kosma le jour se leve en musique!, Diapason (France) N414:36+ Apr 1995
Leighton Kerner: Music 50 years on - American Symphony's concert honoring 50th anniversary of end of World War II and founding of United Nations, Village Voice: 40:75 May 30 1995
R. Fellows: Performing Honegger's "Danse de la Chèvre", Flute Talk 14:15-16 Sep 1994
Susanne Rode-Breymann: Die Wiener Staatsoper in den Zwischenkriegsjahren - Ihr Beitrag zum zeitgenössischen Musiktheater, Tutzing: Verlegt bei Hans Schneider, 1994, 485 p., ISBN 978-3-7952-0772-4
Jean Roy: 1992: le centenaire d'un musicien europeen, Revue Musicale de Suisse Romande 45:75-86 N2 1992
Jean Roy: Le role du choeur dans les oratorios d'Arthur Honegger, Dissonanz/dissonance N34:15-17 Nov 1992
Wolfgang Suppan, Armin Suppan: Das Neue Lexikon des Blasmusikwesens, 4. Auflage, Freiburg-Tiengen, Blasmusikverlag Schulz GmbH, 1994, ISBN 3-923058-07-1
Wolfgang Suppan: Das neue Lexikon des Blasmusikwesens, 3. Auflage, Freiburg-Tiengen, Blasmusikverlag Schulz GmbH, 1988, ISBN 3-923058-04-7
Wolfgang Suppan: Lexikon des Blasmusikwesens, 2. eränzte und erweiterte Auflage, Freiburg-Tiengen, Blasmusikverlag Fritz Schulz, 1976
Walter Labhart: Disques Schallplatten, Dissonanz/dissonance N38:42-3 Nov 1993
J. Loskill: Anklage wider den Krieg, Opernwelt 34:39 Jun 1993
Konrad Vogelsang: Alphabetisches Namensverzeichnis der Filmkomponisten, in: Filmmusik im Dritten Reich: eine Dokumentation, 2., vollstandig uberarbeitete und erweiterte Auflage, Pfaffenweiler: Centaurus-Verlagsgesellschaft, 1993, 235 p., ISBN 978-3-89085-800-5
Serge M. Zuber: Musique d'un siècle à Genève 1893-1993 - Association des artistes musiciens de Genève (AAMG), Genève: Editions Ariana, 1993, 149 p.
Schweizer Komponisten unserer Zeit; Biographien; Werkverzeichnisse mit Discographie und Bibliographie, Winterthur: Amadeus, 1993, 470 p., ISBN 3-905049-05-8
Jacques-Emmanuel Fousnaquer, Claude Glayman, Christian Leble: Musiciens de notre temps depuis 1945, Paris: Editions Plume, 1992, 542 p., ISBN 978-2-7021-2083-5
Harry Halbreich: Arthur Honegger: l'homme des contrastes, Diapason-Harmonie (nu Diapason (France)) N383:38-46 Jun 1992
Harry Halbreich: Arthur Honegger, un musicien dans la cité des hommes, Fayard, 1992. ISBN 2-213028370
Harry Halbreich: L'Oeuvre d'Arthur Honegger: Chronologie, catalogue raisonné, analyses, discographie, Fayard, 1994. ISBN 2-852032821
Harry Halbreich: Arthur Honegger: album in de serie Les grands Suisses, Slatkine, Genève 1995.
Lennart Hedwall: Orkesterkomponisten Honegger, Musikrevy 47:295+ N7-8 1992
Bernard Gavoty: Comment je me juge, Revue Musicale de Suisse Romande 45:87-86 N2 1992
Theo Hirsbrunner: Arthur Honegger - Ein Aussenseiter im Groupe des Six, Dissonanz/dissonance N31:19-23 Feb 1992
I. A. Alexandre: "Jeanne d'Arc au Bûcher" à l'Opera de Paris, Diapason-Harmonie (Currently Diapason (France)) N388:20 Dec 1992
S. Henry: "Jeanne d'Arc au Bûcher" - A collaboration between Arthur Honegger and Paul Claudel, Choral Journal 32:7-14 N8 1992
S. Henry: The choral music of Arthur Honegger, Voice of Chorus America: 15:N2 1991-1992, between p. 12-13
Peter Jost: Den ästhetischen Anspruch in seiner ganzen Schwere und Strenge erfüllen: Arthur Honeggers Weg zur Symphonie, Das Orchester, 40:430-35 N4 1992
Paul E. Bierley, William H. Rehrig: The heritage encyclopedia of band music: composers and their music, Westerville, Ohio: Integrity Press, 1991, ISBN 0-918048-08-7
Gerhard Kappner: Aufführungen kirchenmusikalischer Raritäten, Gottesdienst und Kirchenmusik N3:66-70 May-Jun 1991
Robert P. Morgan: Twentieth-century music - A history of musical style in modern Europe and America, New York: W.W. Norton, 1991, 554 p., ISBN 978-0-393-95272-8
H. Stephen Wright, James L. Limbacher: Keeping score: film and television music, 1980-1988 (with additional coverage of 1921-1979), Metuchen, N.J.: Scarecrow Press, 1991, 928 p., ISBN 978-0-8108-2453-9
M. Parouty Hilton: Les aventures du Roi Pausole a Lausanne, Diapason-Harmonie (Currently Diapason (France)) N368:30 Feb 1991
Giovanni Idonea, Domenico Danzuso: Indice Dei Nomi e Dei Titoli della Parte Storica e Delle Appendici, in: Musica, musicisti e teatri a Catania (dal mito alla cronaca), 3e edizione, Palermo: Publisicula Editrice, 1990, 660 p.,
Robert Brecy: Florilege de la chanson revolutionnaire de 1789 au front populaire, Edition revue et corrigee, Conde-sur-noireau, France: Les Editions Ouvrieres, 1990, 305 p., ISBN 2-7082-2872-2
John L. Holmes: Composers on composers, New York: Greenwood Press, 1990, 189 p., ISBN 978-0-313-26602-7