Merton werd geboren in de stad New York als zoon van een Joodse vader, de socioloog Robert K. Merton (de bedenker van onder andere het selffulfilling prophecy-concept), en moeder Suzanne Carhart. Hij groeide op in het dorp Hastings-on-Hudson, in de staat New York.
Hij behaalde een Bachelor of Science in Engineering Mathematics aan de Columbia-universiteit, een Masters of Science aan het California Institute of Technology en zijn doctoraat in economie aan het Massachusetts Institute of Technology in 1970 onder leiding van Paul Anthony Samuelson. Vervolgens was hij tot 1988 professor aan de MIT Sloan School of Management in Cambridge, Massachusetts, van 1988 tot 1998 Professor of Business Administration aan de Harvard University en van 1998-2010 Professor aan de Harvard Business School. In 2010 werd hij ten slotte emeritus hoogleraar, weer bij de MIT Sloan School of Management.
Merton trouwde in 1966 met June Rose. Ze scheidden in 1996. Ze hebben drie kinderen: twee zonen en een dochter.
Loopbaan
1968 Arbitrage Management Company (hedgefund).
1970-1988: School of Management Distinguished Professor of Finance aan de financiële faculteit van de MIT Sloan School of Management.
Resident Scientist bij Dimensional Fund Advisors (een investeringsmaatschappij); hier ontwikkelde hij een next-generation geïntegreerd systeem voor pensioenbeheer.
1988-1998: George Fisher Baker Professor of Business Administration aan de Harvard University.
1993 mede-oprichter van het hedgefonds Long-Term Capital Management, dat vier jaar lang een hoog rendement opleverde, maar in 1998 4,6 miljard dollar verloor en door een consortium van banken werd gered; begin 2000 werd het opgeheven.
1986 Voorzitter van de American Finance Association en fellow van de American Academy of Arts and Sciences.
1998-2010: de eerste John and Natty McArthur University Professor aan de Harvard Business School.
2010-heden: emeritus hoogleraar aan de Harvard University.
Onderzoeksgebieden
Het onderzoek van Merton richtte zich op de financieringstheorie, waaronder levenscyclusfinanciering, optimale selectie van intertemporele portefeuilles, prijsbepaling van kapitaalgoederen, prijsstelling van opties, risicovolle bedrijfsschulden, leninggaranties en andere complexe afgeleide effecten. Hij schreef ook over de werking en regulering van financiële instellingen. Later verlegde hij zijn academische interesses naar financiële innovatie en dynamiek van institutionele verandering, het beheersen van de verspreiding van macrofinancieel risico en het verbeteren van methoden voor het meten en beheren van overheidsrisico's.