Pierwsze ślady osadnictwa człowieka na tych terenach pochodzą z późnej epoki brązu – znaleziono pozostałości po kulturze pól popielnicowych. Pierwsza pisemna wzmianka o mieście, jako villa publica pochodzi z roku 748, pod nazwą Autingas, gdy miejscowość była pod władzą książęcej dynastii bawarskiej Agilolfingów. W roku 876/877 pan miasta – król Karloman założył przy nim klasztor. Karloman zmarł i został pochowany w Altötting. Następnie Altötting był w rękach Wittelsbachów.
W roku 1489 zgodnie z legendą wydarzyły się dwa przywrócenia do życia. Zabytkowa kaplica, w której znajduje się posąg Matki Bożej z Altötting (Czarnej Madonny) została zbudowana ok. 700 roku, natomiast posąg pochodzi z roku 1330. W ołtarzu głównym w kaplicy znajdują się srebrne urny z sercami książąt bawarskich, biskupów oraz sześciu królów Bawarii.
