O Barcelona Esportivo Capela foi fundado em 19de janeiro de 2004. O time estreou nas divisões inferiores do Campeonato Paulista na Série B2 daquele mesmo ano. O primeiro jogo do time foi em 17 de abril, um empate de 1 a 1 contra o tradicional Jabaquara. A equipe mandou seus jogos no Estádio Capelão e por pouco não se classificou para a segunda fase daquele campeonato.
No ano seguinte o time passou a mandar suas partidas na cidade de Ibiúna graças a uma parceria com a prefeitura daquela cidade. O time permaneceu jogando no Estádio Marcus Eduardo Carvalho Truvilho até 2007. Nessas três temporadas, todas na recém-criada Segunda Divisão Paulista, a equipe paulistana nunca passou da primeira fase. A performance foi muito abaixo do esperado e o Elefante conquistou apenas oito vitórias em 40 partidas disputadas.
Em 2008 o time de afastou do campeonato, voltando em 2009. Nesse ano a ideia era jogar no Estádio Aníbal de Freitas, pertencente ao Clube Guapira, localizado na Zona Norte da capital paulista. Por problemas com laudos, o clube jogou ali poucas vezes, chegando a mandar jogos também no Estádio Nicolau Alayon e também no Estádio Ulrico Mursa, em Santos. A campanha ruim, somada com a falta de um local fixo para atuar como mandante, fez com que o time novamente se afastasse do profissionalismo.
Em 2010 Foi Campeão Universal
Nos anos seguintes a equipe disputou apenas alguns campeonatos de base. A aguardada volta do time ao futebol profissional aconteceu na temporada de 2015, outra vez na Segunda Divisão do Campeonato Paulista da FPF. A equipe paulistana fez parte do Grupo 2 da competição, junto com Internacional de Bebedouro, Elosport, Lemense, Olímpia, Amparo, São Carlos, Olé Brasil, Palmeirinha e Desportivo Brasil. O time também votou a atuar na cidade de São Paulo, mais precisamente no Estádio Nicolau Alayon.
No ano seguinte em 2016 a equipe disputou novamente alguns campeonatos de base e nos campeonatos profissionais o time disputou a Segunda Divisão do Campeonato Paulista da FPF. A equipe fez um bom campeonato comparado aos anos anteriores, pois fez 12 pontos em 14 jogos com: 3 vitórias, 3 empates e 8 derrotas. O time mandou seus jogos no Estádio Conde Rodolfo Crespi. Com o campeonato regular que fez em 2016 empolgou o time para a temporada de 2017.
Em 2017 a equipe disputou alguns campeonatos de base e a Segunda Divisão do Campeonato Paulista da FPF. Este último foi disputado por jogadores sub-23, podendo ter apenas 3 jogadores profissionais. O time jogou no Estádio Nicolau Alayon na cidade de São Paulo e fez uma campanha quase igual a campanha de 2015. A equipe somou 8 pontos em 14 jogos com: 1 vitória (na última rodada da fase de grupos), 5 empates e novamente 8 derrotas, igual a 2016. A equipe ficou em último no grupo 3 mas não desanimou e foi confirmada no Campeonato Paulista de Futebol da Segunda Divisão na edição de 2018.
Apesar de todas as dificuldades, o maior destaque da história do time foi ter revelado o jogador brasileiro naturalizado espanhol Diego Costa.