Com a expansão portuguesa para o sul da colônia até a região do Rio da Prata, houve a necessidade de se formar uma nova unidade administrativa do reino para garantir a guarda e posse dessas terras. Criada em 11 de agosto de 1738, seu governo foi instalado em 7 de março de 1739 com a vinda do brigadeiro José da Silva Pais como seu primeiro governador. O território compreendia os atuais estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul até a emancipação deste último como capitania do Rio Grande de São Pedro em 1760.
Os interesses portugueses no sul do Brasil aconselhavam a manutenção e o fortalecimento dos povoados litorâneos. Com tal objetivo, Laguna foi elevada em 1774 à categoria de vila, passando a exercer o papel de posto avançado para a conquista do Rio Grande do Sul. Dali partiram expedições que atingiram a colônia do Sacramento e Montevidéu e, de passagem, arrebanhavam gado e aprisionavam indígenas. Desterro, sendo altamente fortificada por Silva Pais desde sua vinda a Santa Catarina, era sua capital. Muitas das fortalezas construídas no período, resistiram a ocupação espanhola de 1777 e aos séculos, e estão de pé até os dias atuais.
A partir de 1740, são implantadas no litoral catarinense as armações de baleeiras:
Armação de Itapocorói (Penha), Armação de Nossa Senhora da Piedade (Gov. Celso Ramos), Armação da Lagoinha (Florianópolis), Armação da Garopaba (Garopaba).
Após 1807 com a criação da capitania-geral de São Pedro do Rio Grande (futuro Rio Grande do Sul), suas fronteiras compreendiam: ao norte, o rio Saí Guaçu (Joinville), ao sul o rio Mampituba (Torres), a oeste a Serra Geral, que corre de norte a sul, mais próxima à costa e a leste o Oceano Atlântico.
Colonização açoriana
As ilhas do arquipélago dos Açores, sofrendo abalos sísmicos terrestres ou submarinos, estimularam a saída de parte de sua população. Aliado a este fator estaria o precário desenvolvimento econômico da região, o desejo de lançar-se ao mar, mas principalmente o excesso populacional que em decorrência, provocava a escassez de alimentos em determinadas ocasiões.
De 1748 até 1756, em sucessivas levas, chegaram cerca de cinco mil açorianos, a maior parte dos quais se fixou no litoral. Os novos colonos receberam doações de terras na ilha e no continente. Houve muitas dificuldades, desde as péssimas condições da viagem até a adaptação à terra onde deveriam fixar-se.
Colonização do planalto Catarinense
Luís António de Sousa Botelho Mourão, o Morgado de Mateus, governador da capitania de São Paulo, interessado em garantir o domínio português sobre a região do atual planalto catarinense e o escoamento do gado do Rio Grande do Sul para São Paulo, encarregou um abastado paulista, Antônio Correia Pinto, de estabelecer povoação na paragem denominada Lages, então sob a jurisdição de São Paulo. Em 1775 fundou-se a Vila de Nossa Senhora dos Prazeres de Lages, que em 1820 foi incorporada a Santa Catarina.
Domínio espanhol
Quando irrompeu a guerra entre Portugal e Espanha, a ilha de Santa Catarina, mal defendida apesar de sua importância estratégica e abandonada pela esquadra portuguesa, que não queria pôr em risco seus navios, foi tomada em 1777 por Pedro de Ceballos, sem que o invasor desse um só tiro ou perdesse um único homem. Dali estendeu-se a conquista de povoado em povoado, com exceção de Laguna, que ofereceu resistência. Um ano depois, a ilha voltou às mãos portuguesas através do Tratado de Santo Ildefonso.
Atlas Geográfico de Santa Catarina. Governo do Estado de Santa Catarina. 1986.
FLORES, Maria Bernadete Ramos; SERPA, Élio (orgs.). Catálogo de Documentos Avulsos Manuscritos referentes à Capitania de Santa Catarina – 1717-1827. Florianópolis: UFSC, 2000.