Aproximou-se do Partido Socialista aquando dos Estados Gerais para uma Nova Maioria, iniciativa de António Guterres, em 1995. Nos anos seguintes, já depois da vitória de Guterres nas legislativas, participa no Conselho Nacional de Educação. Inicia a sua vida profissional em 1998, como economista num instituto do Ministério do Trabalho, até que o ministro Eduardo Marçal Grilo o chama para consultor do Grupo de Trabalho do Ministério da Educação na Presidência Portuguesa da União Europeia, em 1999. É daí que vai, um ano depois, para o gabinete de António Guterres. Primeiro como assessor para as áreas da Educação e da Ciência, depois com a Economia, até à demissão do primeiro-ministro e líder socialista, em 2002. Em 2003 ingressou como economista na Agência para o Investimento e Comércio Externo de Portugal.
Em 2005, com o regresso do PS ao governo, José Sócrates nomeou-o Secretário de Estado do Emprego e da Formação Profissional, sendo Ministro do Trabalho José Vieira da Silva, onde se dedicou à reforma da Formação Profissional, à reforma do Código do Trabalho, ao primeiro Acordo de médio prazo sobre a evolução do salário mínimo nacional e ao lançamento e coordenação do programa Novas Oportunidades.[1][1] Contrariando expetativas que, dentro e fora do PS o catapultavam para Ministro após as eleições legislativas de 2009, transitou com Vieira da Silva para o Ministério da Economia onde assumiu a Secretaria de Estado da Indústria e Desenvolvimento com responsabilidade de gestão dos fundos comunitários.
Em 2013 o então Presidente da Câmara Municipal de Lisboa, António Costa, incluiu Fernando Medina, como número dois, na lista para a autarquia da capital, convite esse que foi interpretado como um sinal de que o presidente não ficaria até ao fim, visando assegurar que o leme de Lisboa continuaria em mãos socialistas (uma vez que o até aí número dois, Manuel Salgado, sendo oriundo da Esquerda, não era (nem é) militante do PS). Ao aceitar o convite, manifestou o seu afastamento face ao líder do seu partido, António José Seguro, e ao líder da bancada parlamentar, Carlos Zorrinho.[1]
Tal como se especulava, António Costa viria a abandonar o mandato como presidente da Câmara de Lisboa — na sequência da sua eleição para secretário-geral do PS — e Medina assumiu o cargo de presidente da Câmara Municipal de Lisboa a 6 de abril de 2015.[1]
Em 2017, Fernando Medina vence as eleições autárquicas e consagra-se novamente como Presidente da Câmara Municipal de Lisboa, embora não obtendo a maioria absoluta, com 42% dos votos. Fez depois uma coligação com o Bloco de Esquerda.[5] Entre 2017 e 2021 foi presidente do conselho metropolitano da Área Metropolitana de Lisboa.
Em 2020, a mandado do Governo Português, foi intermediário das negociações com os grevistas de fome do movimento "Sobreviver a Pão e Água".[6]
Em junho de 2021, Medina enfrentou pedidos de demissão como resultado da decisão de sua administração, em janeiro de 2021, de compartilhar com as autoridades russas as informações pessoais de pelo menos três dissidentes russos baseados em Lisboa.[7] Medina respondeu rejeitando sua renúncia e, em vez disso, desculpando-se pelo que ele descreveu originalmente como um "erro burocrático".[8] Posteriormente, as autoridades municipais admitiram que desde 2011 a prefeitura de Lisboa compartilhava regularmente informações pessoais de ativistas de direitos humanos, incluindo nomes, números de identificação, endereços de residência e números de telefone de vários regimes repressivos, incluindo Angola, China e Venezuela. O presidente português, Marcelo Rebelo de Sousa, qualificou a prática como "profundamente lamentável", e declarou que todos merecem que os seus direitos fundamentais sejam respeitados num país democrático.[9]
A 30 de março de 2022, tomou posse como ministro das Finanças do XXIII Governo Constitucional, cessando funções em abril de 2024. Em março de 2024, foi eleito deputado à Assembleia da República nas listas do PS pelo círculo de Lisboa.
Em maio de 2023, a CNN Portugal noticiou que o Ministério Público está investigando o suposto envolvimento de Medina no chamado Caso Tutti Frutti, durante o seu mandado enquanto Presidente da Câmara de Lisboa em 2017, com possíveis atos de corrupção, participação económica em negócio, financiamento proibido de partidos, prevaricação de titular de cargo político, tráfico de influências e abuso de poder, num alegado acordo com Duarte Cordeiro, então vice-presidente da Câmara Municipal de Lisboa, e Sérgio Azevedo, pela parte do PSD.[10] Fernando Medina e Duarte Cordeiro negaram todas as suspeitas de qualquer pacto com o PSD no sentido de influenciar os resultados eleitorais.[11][12]
No fim de julho de 2024 Fernando Medina foi formalmente constituído arguido no âmbito do processo "Tutti Frutti" por suspeita de crime de prevaricação quando era presidente da Câmara Municipal de Lisboa.[13]
Vida pessoal
É casado com Stéphanie Sá da Silva (filha do antigo ministro da Agricultura Jaime Silva), jurista, que foi directora jurídica da TAP (2014-2022).[14]