D.Frei Gonçalo Pereira foi, durante muitos séculos, assumido como sendo o filho mais velho do primeiro casamento de D. Gonçalo Peres Pereira, o Liberal, 3.º Senhor da Honra de Pereira, e de sua mulher Urraca Vasques Pimentel, neto paterno de D. Pedro Rodrigues Pereira, 2.° Senhor da Honra de Pereira, e de sua mulher Maria Pires Gabere ou Gravel, e neto materno de D. Vasco Martins Pimentel e de sua primeira mulher Maria Anes de Fornelo,[1] nascido Gonçalo Gonçalves Pereira provável e supostamente no Solar da Quinta de Pereira, na extinta paróquia de Sanfins de Riba de Ave, e criado no Paço Real de D. Dinis de Portugal. Todavia, uma recente tese apresentada em 2017 no Instituto Português de Heráldica por Augusto Martins Ferreira do Amaral, desfez completamente esta versão, afirmando que foi ao chegar a Arcebispo Primaz e buscando elevar-se genealogicamente que D. Gonçalo Pereira adulterou o Livro de Linhagens do Conde D. Pedro de forma a surgir ligado ao ramo mais ilustre dos Pereira, pretensão não suportada pela documentação coeva, sem que se tenha, sequer, a certeza de que sejam a mesma linhagem de Pereira.
Regressado ao Reino de Portugal, celebrou um Sínodo Diocesano em 1324, no qual promulgou novas Constituições Sinodais, as quais, como parecessem muito pesadas em termos fiscais, acabaram por ser revogadas pelo seu sucessor.
Na Sé de Braga, mandou construir a sua capela tumular, conhecida como Capela de Nossa Senhora da Glória. O jacente do Arcebispo Primaz é considerado um dos mais relevantes monumentos funerários da História da Arte Portuguesa.
Foi no seu tempo como Arcebispo Primaz que grassou em Portugal e no resto da Europa a célebre Peste Negra.
Do seu relacionamento com Teresa Peres Vilarinho, filha de Pero Gonçalves Vilarinho e de sua mulher, com quem viveu durante a sua estadia em Salamanca, teve um filho sacrílego:
↑Nobiliário das Famílias de Portugal, Manuel José da Costa Felgueiras Gaio, Carvalhos de Basto, 2.ª Edição, Braga, 1989. Vol. VIII - p. 169 (Pereiras). Vol. VIII - p. 169 (Pereiras). p. 28.
↑Nobiliário das Famílias de Portugal, Manuel José da Costa Felgueiras Gaio, Carvalhos de Basto, 2.ª Edição, Braga, 1989. Vol. VIII - p. 170 (Pereiras).