Os times estavam divididos em quatro conferências: Nordeste, Centro-Oeste, Sudeste e Sul. Na temporada regular, só havendo confrontos entre times das mesmas conferências e cada time realiza quatro jogos, sendo dois jogos em casa e dois jogos fora.[3]
Na Conferência Nordeste, organizada em parceria com a Liga Nordestina de Futebol Americano (LINEFA), classificam-se os dois melhores colocados de cada grupo para as semifinais com o melhor classificado enfrentado o segundo colocado do outro grupo. Os dois vencedores disputam a final, garantindo ao vencedor o título da Liga Nordeste de 2016 e uma vaga direta à Superliga Nacional de 2017. Por questão de logística os participantes da Conferência Nordeste não disputam o título da Liga Nacional.
Nas Conferências Centro-Oeste, Sudeste e Sul, classificam os vencedores de cada grupo e o melhor segundo colocado de cada conferência para a fase de Playoffs. Nas quartas de final os vencedores de cada grupo das Conferências Sudeste e Sul se enfrentam dentro da mesma conferência. Os vencedores desses jogos fazem uma das semifinais. Enquanto o vencedor do Grupo 1 da Conferência Centro-Oeste enfrenta o melhor segundo colocado da Conferência Centro-Oeste e o vencedor do Grupo 2 da Conferência Centro-Oeste enfrenta o melhor segundo colocado da Conferência Sudeste. Os vencedores desses jogos fazem a outra semifinal. Os vencedores de cada semifinal disputam a final. O vencedor da final conquista o título da Liga Nacional de 2016. Os dois finalistas e o terceiro colocado (time de melhor campanha entre os perdedores nas semifinais) garantem vaga à Superliga Nacional de 2017.
Critérios de desempate
Os critérios de desempate dentro das conferências são confronto direto e depois a força de tabela (que é a soma das vitórias dos adversários de cada time). Só depois, e só se for necessário, é que será considerado o saldo de pontos.[3]
a.^ Devido aos acontecimentos entre Caruaru Wolves e Náutico Horses em partida válida pela final da Taça Pernambuco 2016, a partida entre as duas equipes foi anulada, com as duas equipes ficando com a derrota. Além disso, a equipe do Caruaru Wolves, considerada maior responsável pela confusão, perdeu os seus dois mandos de campo.[7]
b.^ O jogo entre Brasília Templários e Brasília V8 foi cancelado por falta de datas disponíveis para adiamento e por não interferir na classificação final.