Porém, a sucessão é compartilhada por ambas as igrejas até 451, quando a Igreja Ortodoxa Copta de Alexandria e a Igreja Ortodoxa Grega de Alexandria iniciaram o cisma que culminaria na separação total a partir de 536, quando Teodósio I foi rechaçado pelos gregos.
Líderes da Igreja de Alexandria até o Concílio de Calcedônia, em 451
Os primeiros anos da Igreja de Alexandria foram marcados pela consolidação na cidade, marcada principalmente pela fundação da Escola Catequética de Alexandria, por onde passariam muitos dos maiores teólogos da antiguidade. No século III, a situação se complicaria com as diversas perseguições aos cristãos promovidas pelos imperadores romanos. Diversas discussões surgiram sobre como deveria ser o tratamento dos cristãos (clérigos e leigos) que cediam às pressões para preservar a vida, dando origem às crises de Novaciano e de Melécio de Licópolis.
Com a conversão de Constantino I, a controvérsia ariana tomou o papel central na vida dos patriarcas, com sucessivas deposições de acordo com o imperador reinante e as intrigas locais. A grande figura deste período foi Santo Atanásio, que lutou contra os arianos por mais de quarenta anos. A questão só seria resolvida definitivamente no segundo concílio ecumênico, em Constantinopla, em 381 Com isso,
Com o fim da crise, os patriarcas se dedicaram a consolidar o cristianismo na cidade e acabaram por destruir alguns dos maiores tesouros da cidade. Foi nesta época que se destruiu o Serapeu (que incluía uma parte da famosa Biblioteca de Alexandria) e o mitreu (mithraeum), e também que os cristãos passaram de perseguidos a perseguidores, com o linchamento de Hipátia e as gangues de monges que aterrorizavam a cidade, expulsando judeus, novacianos e origenistas.
Fundou a Igreja de Alexandria, cuja sucessão até os dias de hoje é alegada por diversas diferentes denominações (veja Patriarca de Alexandria), mas principalmente pela Igreja Ortodoxa Copta. Aspectos da liturgiacopta podem referenciados ao próprio São Marcos. Ele então se tornou o primeiro bispo de Alexandria e tem a honra de ser também o fundador do Cristianismo na África. Tradições coptas posteriores dizem que ele foi martirizado em 68
Após sua ascensão ao Patriarcado, os pagãos da cidade não permitiram mais que os bispos saíssem da cidade de Alexandria, mas Juliano costumava sair em segrego para ordenarpresbíteros por toda região.
Apoiou o Papa Cornélio durante o cisma novaciano, a respeito do tratamento a ser dado aos cristãos que conseguiram escapar da perseguição promovida pelo imperadorDécio. Escreveu uma famosa resposta para Novaciano quando ele o escreveu pedindo apoio. Desfeito o cisma, novamente se envolveu em controvérsia, desta vez sobre a necessidade de rebatizar os cristãos que tinham sido batizados por heréticos.
Convocou o Concílio de Alexandria (321) para condenar as doutrinas de Ário, dando início ao que seria mais de meio século da controvérsia ariana. Durante o seu reinado ocorreu também o Primeiro Concílio de Niceia (325), que acabou por resolver algumas das questões polêmicas que tomavam a atenção de Alexandre. O concílio permitiu-lhe decidir a data da Páscoa, questionada pelos quartodecimanos, seguidores da antiga tradição judaica. Além disso, o concílio readmitiu Melécio de Licópolis, resolvendo o cisma que durava já desde Pedro I. Por fim, foram confirmados os anátemas contra Ário.
Doutor da Igreja. Cristão fervoroso, lutou contra diversas comunidades religiosas de Alexandria. Tomou todos os templos novacianos da cidade e foi o responsável pela expulsão da comunidade judaica. Seu grupo de seguidores, formado principalmente por monges, atacou o prefeito de Alexandria (Orestes) e o feriu, e também capturou e linchou a filósofa Hipátia. Em 431, Cirilo presidiu o Primeiro Concílio de Éfeso, que condenou Nestório, iniciando a controvérsia nestoriana.
Neste período, ainda que conturbado pelas consequências do cisma calcedônio, ainda houve diversos patriarcas que foram reconhecidos pelos dois ramos que derivaram do cisma: a Igreja Ortodoxa Grega de Alexandria, calcedônia, e a Igreja Ortodoxa Copta, miafisista, ainda que em períodos diferentes em cada uma. Após Teodósio, as listas sucessórias se separaram por completo, algo que perdura até os dias de hoje. Todos os patriarcas indicados abaixo são miafisistas, com o pretendente calcedônio indicado no texto quando houver.
Presidiu o polêmico Segundo Concílio de Éfeso, que reabilitou a doutrina monofisista de Eutiques, de quem era amigo. Ele foi condenado e deposto no Concílio de Calcedônia, decisão que provocou novo cisma na Igreja, separando a Igreja Ortodoxa Copta - que ainda hoje o considera santo - das demais igrejas calcedônias. Entre 451 e 457, ele teve como adversário Protério de Alexandria, que hoje é reconhecido como patriarca apenas pelos gregos ortodoxos.
Dito Eluro ("Fuinha"). Disputou o cargo com o calcedônioProtério até que este foi assassinado por incitação sua. Exilado novamente em 460, disputou novamente o cargo com outro calcedônio, Timóteo Salofaciol. Retornou finalmente a Alexandria em 475 e reinou ali até morrer.
Dito Mongo ("Gago"). Quase que imediatamente após ter sido eleito, foi expulso e disputou o cargo com Timóteo Salofaciol, que já tinha sido patriarca antes no período de Timóteo Eluro. Quando Salofaciol morreu, seu sucessor, João Talaia foi empossado pelo imperador e logo expulso por não aceitar a reconciliação com os ortodoxos orientais por meio do Henótico. O imperador acabou finalmente por aceitar Mongo como legítimo Patriarca.
Como no caso do seu antecessor, é reconhecido por nomes diferentes nas duas subdivisões da Igreja de Alexandria por conta do reconhecimento de João Talaia como "João I" pela Igreja Ortodoxa Grega. Também como seu antecessor, foi monge.
Foi o último patriarca a ser reconhecido por os gregos e coptas em Alexandria. Exilado logo depois de eleito por conta de uma intriga com o imperadorJustiniano I, tentou voltar por diversas vezes com o apoio da imperatriz Teodora, sem sucesso. Disputou o cargo com Gainas por um ano e, com Paulo I, indicado pelo imperador após mais uma fracassada tentativa de atrair Teodósio para a fé calcedônia. Viveu 28 anos exilado no Alto Egito, sendo reconhecido pelos coptas até a sua morte. O cisma resultante permanece até os dias de hoje.
Quando Teodósio foi deposto e partiu para o exílio, ele continuou líder grupo miafisista da Igreja no Egito, que o considera um santo e confessor. Já o indicado calcedônio, Paulo I, era um homem violento e passou a perseguir violentamente os miafisistas em Alexandria, fechando igrejas e expulsando os fieis, o que só exacerbou as diferenças entre as igrejas e eliminou a possibilidade de reconciliação.[55]
Como Teodósio viveu ainda muitos anos exilado, as duas linhas sucessórias se separaram completamente a partir daí. Para a sucessão posterior em ambas, veja:
↑Bunson, Matthew; Bunson, Margaret e Bunson, Stephen, ed. (1998). Our Sunday Visitor's Encyclopedia of Saints (em inglês). Huntington, In: Our Sunday Visitor Publishing Division. p. 401. ISBN0-87973-588-0 !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de editores (link)
↑«7.4». História Eclesiástica. The Abominable Error of the Heretics; the Divine Vision of Dionysius; and the Ecclesiastical Canon which he received. (em inglês). VII. [S.l.: s.n.]. Versão em grego.
↑«32.32». História Eclesiástica. The Distinguished Ecclesiastics of our Day, and which of them survived until the Destruction of the Churches. (em inglês). VII. [S.l.: s.n.]
↑«Timotheos I, the Destitute (381–385)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 13 de fevereiro de 2011
↑«16». História Eclesiástica. Demolition of the Idolatrous Temples at Alexandria, and the Consequent Conflict between the Pagans and Christians. (em inglês). V. [S.l.: s.n.]
↑«Timotheos II, Ailuros (457–460)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑«Petros III, Mongos (482–490)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑«Athanasius II, Kelitis (490-496)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑«John II, the Monk (496–505)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑Atiya, Aziz S. (1991). The Coptic Encyclopedia (em inglês). New York: Macmillan Publishing Company. ISBN0-02-897025-X
↑«John III of Nicaea (505–516)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑«Dioscorus II the Younger (516–517)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 1 de março de 2011
↑«Theodosius I (536)» (em inglês). Site oficial do Patriarcado Ortodoxo Grego de Alexandria e toda a África. Consultado em 2 de março de 2011
↑Maspero, Jean (1923). Bibliothèque de l'École des Hautes Études, Sciences historiques et philologiques. Histoire des patriarches d'Alexandrie depuis la mort de l'empereur Anastase jusqu'à la réconciliation des Églises jacobites (518-616) (em francês). Paris: É. Champion