С 1867 года — управляющий Эчмиадзинской типографией. С 1869 по 1870 годы — редактор ежемесячника «Арарат». В 1870—1882 годы преподавал в школах Ахалциха, Александрополя, Эривани и Шуши. Был инспектором армянских школ Грузии и Имеретии. Позже работал секретарем в редакции журнала «Порц» (Опыт), активно участвовал в редактировании детского иллюстрированного ежемесячного журнала «Ахпюр» (Родник).
В 1895 году был арестован по обвинению в членстве в партии «Гнчак» и сослан сначала в Нор-Нахиджеван, а потом в Крым (1898—1900). После этого до конца жизни Агаян находился под наблюдением царской жандармерии. В мае 1902 года праздновалось 40-летие литературной деятельности писателя. В 1905 году он участвовал в октябрьской демонстрации.
В Ереване именем Агаяна названы улица и школа, ему установлен бюст (ул. Киевян).
Сочинения
Известен как романист, детский писатель и собиратель памятников народного творчества.
Заслуживают внимания произведения: «Арутюн и Манвел», «Две сестры», «Анаид», «Арег Назан», «Торк Ангех».
Из публицистических работ можно отметить: «Страницу нашей новейшей истории», «Главные события моей жизни» и т. д.
Агаян составил ряд учебниковармянского языка, среди которых азбука «Изучение родного языка» оставалась наиболее распространенной азбукой более 40 лет (1875—1916).
