По условиям брачного договора между Шотландией и Данией, подписанного 8 сентября 1468 года, в качестве приданого за Маргариту Кристиан I отказывался от всех претензий к Шотландии по невыплаченным по Пертскому договору 1266 года выкупным платежам за Гебридские острова и обещал уплатить шотландскому королю дополнительно 60 000 рейнских флоринов. В залог уплаты приданого Кристиан I передал Шотландии Оркнейские и Шетландские острова, принадлежавшие до того времени норвежской короне. Поскольку приданое так никогда и не было выплачено, острова перешли в собственность короля Якова III и таким образом были присоединены к Шотландии.
В отличие от своих предшественниц, Маргарита не играла сколько-нибудь важной роли в политике страны. Больше всего её занимали драгоценности и наряды, на приобретение которых уходила значительная часть бюджета страны. Доходы от её земель в Шотландии собирались королевскими чиновниками. Считается, что королева отличалась набожностью, что дало повод Якову III после её смерти предпринять попытку её канонизации, которая, впрочем, не увенчалась успехом.