Опекун Марии Терезии, герцог Модены Франческо V, считал нужным сочетать её браком с 14-летним Фердинандом IV, великим герцогом Тосканским. Однако на Троицу 1867 года, на похоронах своей подруги Матильды, в Вене Мария Терезия повстречалась с юным баварским принцем Людвигом, и молодые люди полюбили друг друга. Герцог Модены был этой историей столь возмущён, что отец Людвига, принц-регент Баварии Луитпольд вынужден был специально съездить в Зальцбург для встречи и объяснения с ним.
22 октября 1867 года, в замке Зеелёвиц в Моравии Людвиг и Мария Терезия обручились. 20 февраля 1868 года, в Венском Хофбурге, в присутствии императора Франца-Иосифа I состоялась их свадьба, венчал молодых граф Шаффготч, епископ Брненский (в своё время он проводил крещение и конфирмацию невесты). Празднования свадьбы в Вене начались ещё до проведения самого ритуала и длились больше недели. Празднование в Мюнхене, куда молодожёны прибыли 22 февраля, были отменены в связи с тяжёлой болезнью Людвига I. Людвиг и Мария Терезия поселились во дворце Лойхтенберг.
После смерти принца-регента Луитпольда 12 декабря 1912 года новым принцем-регентом Баварии (в связи с тем, что согласно закону королём Баварии считался психически больной Отто) был объявлен его сын Людвиг. После изменения Конституции Баварии он всё-таки , 5 ноября 1913 года, становится новым баварским королём. К этому моменту Марии Терезии уже было 64 года. Она стала первой баварской королевой католического вероисповедания. В начале декабря 1913 года по поводу своего восхождения на престол Людвиг и Мария Терезия дали большой бал, на котором присутствовал и германский император Вильгельм II.
С началом Первой мировой войны Мария Терезия всё своё внимание посвятила помощи раненым и больным солдатам, организации лазаретов, созданию женских организаций в помощь немецкому Красному кресту. 20 февраля 1918 года Людвиг и Мария Терезия отпраздновали свою золотую свадьбу, пожертвовав в честь этого события на благотворительные цели 10 миллионов рейхсмарок.
Так как война, ставшая национальной катастрофой для Германии, приближалась к своему концу, а баварская королевская семья продолжала хранить верность «кайзеру», 7 ноября 1918 года король Людвиг III был свергнут с престола, а Бавария — провозглашена республикой. С началом беспорядков и массовых антимонархических демонстраций в Мюнхене королевская семья бежит из столицы в замок Вильденварт. Здесь, в присутствии членов своей семьи, после тяжёлой болезни, королева скончалась во сне ранним утром 3 февраля 1919 года. Король Людвиг III умер 18 октября 1921 года в замке Шарвар, в Венгрии. Согласно его желанию, он был похоронен рядом со своей женой, в Мюнхене.
Мария Терезия была потомком англо-шотландского королевского дома Стюартов. В связи с этим она, после смерти своего дяди Франческо V, была якобитами провозглашена (под именем Марии III) королевой Англии, Шотландии, Ирландии и Франции. Однако Мария Терезия никогда официально не принимала этот титул. После её смерти право на него перешёл её сыну Рупрехту.
Дети
В браке с Людвигом III Мария Терезия имела 13 детей:
Beckenbauer, Alfons. Ludwig III. von Bayern, 1845—1921, Ein König auf der Suche nach seinem Volk. Regensburg: Friedrich Pustet, 1987. The standard modern biography of Marie Therese’s husband.
Glaser, Hubert. Ludwig III. König von Bayern: Skizzen aus seiner Lebensgeschichte. Prien: Verkerhrsverband Chiemsee, 1995. An illustrated catalogue of an exhibition held in Wildenwart in 1995.