Пассажирский терминал — Моско́вский вокза́л, поэтому по отношению к станции также иногда используется название Яросла́вль-Моско́вский[4] или Яросла́вль-Пассажи́рский[5], чтобы отличить её от другой крупной станции города — Ярославля-Главного.
От станции Ярославль была проложена линия до волжских пристаней, так называемая «Ветка». Линия начиналась на территории нынешнего грузового двора, пролегала по территории нынешнего проспекта Фрунзе и далее по существующему перегону Ярославль — Ярославль-Пристань.
После открытия Московской-Ярославской железной дороги С. И. Мамонтов принимает решение о продлении железнодорожной ветки от Ярославля до Костромы. 17 декабря 1887 году состоялось торжественное открытие движения по Ярославско-Костромской железной дороге. Грузооборот и пассажирский поток на станции Ярославль увеличился.
Первоначально поезда направляющиеся из Ярославля на Кострому осаживались задним ходом примерно до нынешней границы станции в направлении Москвы. Далее передним ходом следовали по линии уходящей направо через территорию нынешнего депо, далее по нынешней улице Старокостромской до существующего перегона Ярославль — Дунайка. Впоследствии была построена линия с путепроводами над нынешним Московским проспектом и Веткой, нынешним проспектом Фрунзе.
В 1957 году на станция была электрифицирована. Первое время были электрифицированы перегоны Полянки — Ярославль и Ярославль — Которосль. В 1971 году был электрифицирован участок Ярославль — Тощиха и электропоезда начали курсировать через станцию по костромскому направлению.
В 1868 же году началось и возведение Московского вокзала при железнодорожной станции «Ярославль» вблизи Московской заставы. К 1 января 1870 года работы по строительству дороги и здания вокзала были закончены.
Пригородные электропоезда александровского направления (кроме первого электропоезда на Александров и последнего из Александрова) заезжают на станцию Ярославль и меняют там направление движения.