Jan-Erik engagerade sig tidigt i den kristdemokratiska rörelsen i Sverige. På 1970-talet satt Jan-Erik i ledningen för KDF, en kristdemokratisk studentförening vid Uppsala universitet.[6]
Efter studier flyttade Jan-Erik norrut och blev 1979 kyrkoherde och prost i Ramsele pastorat. Här blev han kvar till 2006.[7]
Engagemanget i Kristdemokraterna upphörde inte. 1985–1993 var Jan-Erik 1:e vice ordförande i partistyrelsen. Vid valet 1991 valdes Jan-Erik in i riksdagen för Västernorrland och var 1991-1994 ledamot i Försvarsutskottet. Efter ett uppehåll mandatperioden efter återkom Jan-Erik i riksdagen 1998. Under denna period blev det en plats i Utrikesutskottet.
På det lokala planet satt Jan-Erik 2002–2012 i Sollefteå kommunfullmäktige. Åren 2010–2012 var han distriktsordförande i Kristdemokraterna i Västernorrlands län.
Under två kortare perioder under 2009–2010 var Jan Erik ersättare i riksdagen för Liza-Maria Norlin.
Efter denna tid flyttade Jan-Erik till Uppsala och var sedan 2013–2015 ordförande för Kristdemokratiska Seniorförbundet. Ett antal år var Jan-Erik Ågren styrelseledamot i Riksförbundet Pensionärsgemenskaps förbundsstyrelse. Han har även varit vice ordförande i valnämnden i Uppsala kommun[8] och har haft flera politiska uppdrag inom Svenska kyrkan, däribland har han suttit i såväl stiftsfullmäktige och kyrkomötet.[9]
^Hjorth Attefall, Cecilia (redaktör) (mars 2004). Partiet som lyfte: 40 år med svensk kristdemokrati : 1964-2004. Lennart Molin, Samhällsreklam (form och layout), Roland Tröjer och Leif Schröder (omslagsfoton). Stockholm: Samhällsgemenskap. sid. 20. Libris9411162. ISBN 91-85036-52-8. ”Först och störst är studentföreningen i Uppsala, KDF, under ledning av bland andra Jan-Erik Ågren.”