Den 29 december 2007 blev han den utländska spelaren som spelat flest matcher för en klubb i Premier League och slog Dennis Bergkamps rekord på 315 matcher.[3]
Schwarzers kontrakt med Middlesbrough gick ut i juni 2008 och han skrev på ett tvåårskontrakt med Fulham. Schwarzer avslöjade i en intervju med The World Game att han fått erbjudanden från Bayern München och Juventus, men avböjt eftersom de inte kunde lova honom att vara deras förstamålvakt.[4]
Schwarzer gjorde debut för Fulham i 2–1-förlust mot dåvarande nykomlingarna i Premier LeagueHull City, men följde upp det med att i nästa match hålla nollan mot Arsenal i en match som Fulham vann med 1–0. Schwarzer spelade varje minut under säsongen 2008–2009 och höll nollan i tio raka matcher.
Han bidrog med mycket när Australien kvalificerade sig till VM 2006. I playoffmatchen mot Uruguay hade Uruguay vunnit med 1–0 hemma i Montevideo och eftersom Australien spelade 1–0 i Sydney blev det förlängning. Förlängningen blev mållös och i straffläggnigen räddade Schwarzer två straffar och Australien vann med 4–2.
I VM 2006 spelade Schwarzer de första två matcherna, men han övertygade och Željo Kalac, men efter att inte heller han övertygat så fick Schwarzer spela åttondelsfinalen mot Italien. Även om han kastade sig åt rätt håll kunde han inte rädda Francesco Tottis straff i den 95:e minuten som skickade Australien ut ur VM.
Under VM 2010 spelade Schwarzer alla Australiens tre matcher. I första matchen släppte han dock in fyra mål och Tyskland vann enkelt. I den andra matchen mot Ghana slutade 1–1 efter att Schwarzer inte kunde ta Asamoah Gyans straff, men i den sista matchen mot Serbien vann Australien med 2–1. Australien kom trea i gruppen med fyra poäng, lika många som Ghana, men Ghana gick vidare på bättre målskillnad.
