* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 19 juli 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 30 juli 2023.
Aubameyang kom till AC Milans ungdomslag i januari 2007. I augusti 2007 var han med i laget som kom fyra i Champions Youth Cup 2007 som hölls i Malaysia. Han fick priset Roberto Bettega Trophy då han blev den bästa målskytten i hela turneringen med sina sju mål på sex matcher.[1]
Inför säsongen 2008/2009 lånade Milan ut honom ut till franska Dijon, för att ge honom A-lagserfarenhet.[2] Utlånen till franska Ligue 1-klubbar fortsatte med Lille (2009/2010) [3], Monaco (2010/2011) och Saint-Étienne (2011/2012) innan de sistnämnda köpte loss honom och fick se honom göra 29 mål på 54 matcher.
Dortmund
Åren 2013–2018 spelade Aubameyang för tyska Borussia Dortmund. Redan i debuten mot FC Augsburg gjorde han sitt första hattrick. I november 2013 kom hans första mål i Uefa Champions League, i en gruppspelsmatch mot Napoli, och säsongen resulterade i 13 mål i Bundesliga och 16 mål totalt. Säsongen 2014/2015 ökade målskörden till 25 (på 46 matcher). Aubameyang inledde säsongen 2015/2016 med att göra mål i de åtta första matcherna, vilket var tyskt rekord[4], och nådde totalt 35 mål, varav 25 i Bundesliga, vilket gav en andraplats i skytteligan efter Bayern MünchensRobert Lewandowski. Seger i skytteligan blev det istället säsongen 2016/2017, då han gjorde 31 mål.[5] Med ytterligare 13 mål under hösten 2017 nådde Aubameyang totalt 98 mål på sina 144 matcher för Borussia Dortmund.
Arsenal
I januari 2018 värvades Aubameyang till engelska Arsenal för 63,75 miljoner euro, i en byteskarusell som även involverade Olivier Giroud (som gick från Arsenal till Chelsea) och Michy Batshuayi som under våren 2018 lånades ut från Chelsea till Borussia Dortmund.[6]
På sina 14 inledande matcher i Arsenal-tröjan våren 2018 nätade Aubameyang 10 gånger, och säsongen 2018/2019 började i samma stil. Under de första 14 matcherna gjorde han tio raka mål på tio skott (vilket inte hänt i Premier League sedan 2007) och nådde samtidigt en "minuter per mål"-kvot på 103, vilket är rekord för Premier League.[7]
Den 15 september 2020 förlängde Aubameyang sitt kontrakt i Arsenal med tre år.[10] Efter en trög inledning på säsongen 2020/2021 gjorde Aubameyang två mål i segern mot Newcastle United den 18 januari 2021, men tvingades avstå följande matcher då hans mor insjuknat. Den 14 februari var han tillbaka och gjorde sitt första hattrick i Premier League, när Leeds United besegrades med 4–2 hemma på Emirates Stadium. Målen innebar också att han gjort fler än 200 mål i Europas fem bästa ligor.[11] Den 25 februari gjorde han två av Arsenals mål i 3–2-segern mot Benfica i Uefa Europa League. Den 14 mars lämnades Aubameyang utanför startelvan i Norra London-derbyt mot Tottenham Hotspur, enligt tränaren av disciplinära skäl. Den 16 mars var han inte ens med i truppen inför ligamatchen mot Southampton.[12] I december 2021 fråntogs han rollen som lagkapten.[13]
Den 1 februari 2022 meddelade Arsenal att man hade kommit överens med Aubameyang om att bryta kontraktet.[14]
Barcelona
Dagen efter att han lämnat Arsenal, den 2 februari 2022, skrev Aubameyang på ett kontrakt för spanska klubben Barcelona.[15] Den 20 februari, i sin fjärde match för Barcelona, gjorde han hattrick i bortamatchen mot Valencia.[16]
Chelsea
Den 1 september 2022 värvades Aubameyang av Chelsea, där han skrev på ett tvåårskontrakt.[17]
Marseille
Den 21 juli 2023 värvades Aubameyang av Marseille, där han skrev på ett treårskontrakt.[18]