Mjällby AIF och Varbergs BoIS slutade på första respektive andra plats och kvalificerade sig direkt för spel i Allsvenskan 2020. IK Brage slutade på tredje plats och fick spela kvalmatcher mot Kalmar FF om spel i Allsvenskan 2020 där de inte lyckades spela upp sig till den högsta serien. Brage erbjöds ändå och accepterade Östersunds FK:s plats i Allsvenskan sedan Östersund förnekats elitlicens, men Östersund beviljades till slut elitlicens och fick behålla sin allsvenska plats efter överklagan.[3][4][5]
IF Brommapojkarna och Syrianska FC slutade på 15:e respektive 16:e plats och blev nedflyttade till Division 1 2020. Östers IF och IK Frej slutade på 13:e respektive 14:e plats och spelade kvalmatcher mot Landskrona BoIS respektive Umeå FC om fortsatt spel i Superettan 2020. Kvalspelet slutade med att Öster behöll sin plats medan Frej flyttades ned till förmån för Umeå.
Nya lag från Allsvenskan var Dalkurd FF och Trelleborgs FF som direktkvalificerades, samt IF Brommapojkarna som förlorade i kvalspelet till Allsvenskan mot AFC Eskilstuna[10] på färre gjorda mål på bortaplan. Från Division 1 kom de två seriesegrarna i Division 1 Norra (Västerås SK) respektive Södra (Mjällby AIF), samt Syrianska FC som vann kvalspelet till Superettan mot IFK Värnamo.[11]
Varberg BoIS lyckades vinna sitt kvalspel mot Oskarshamns AIK och stannade därmed kvar från Superettan 2018.[12] Övriga lag kvalificerade sig genom att ha placerat sig på fjärde till tolfte plats i föregående års serie.
Laget som slutade på tredjeplats, IK Brage, spelade ett kvalspel mot det lag som slutade på fjortondeplats i fotbollsallsvenskan 2019, Kalmar FF, där det segrande laget kvalificerade sig för den högsta serien Allsvenskan och det förlorande laget kvalificerade sig för Superettan 2020. Kalmar vann matchserien med det sammanlagda slutresultatet 4–2 vilket gjorde att båda lagen stannade i sina respektive serier.[31]
Laget som slutade på fjortondeplats i superettan, IK Frej, spelade ett kvalspel mot det lag som slutade på andraplats i division 1 norra, Umeå FC. Laget som slutade på trettondeplats i superettan, Östers IF, spelade ett kvalspel mot det lag som slutade på andraplats i division 1 södra, Landskrona BoIS.[32] Kvalspelet slutade med att Öster behöll sin plats medan Frej flyttades ned till förmån för Umeå.