Muzaffer Şeker, (1961, İzmir), Türk veteriner, Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi'nin kurucu rektörü, Türkiye Bilimler Akademisi başkanı.

Uludağ Üniversitesi'nin Veteriner Fakültesi'nden 1986 yılında mezun oldu. 1995 yılında Leicester Üniversitesi'nde insan anatomisi alanında doktor unvanı aldı. 1996 yılında Meram Tıp Fakültesi'ne yardımcı doçent olarak atandı.^[1]

Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi'nde anatomi anabilim dalı başkanlığı yaptı. Deneysel Tıp Araştırma ve Uygulama Merkezi'nde müdür yardımcısı olarak görevyaptı. 2000 yılında Selçuk Üniversitesi'nde doçent, 2006 yılında da profesör unvanını aldı. Türk Anatomi ve Klinik Anatomi Derneği ve Temel Tıp Bilimleri Platformu'nun yönetimlerinde görev aldı. Meram Tıp Fakültesi tıp eğitimi ve bilişimi anabilim dalı başkanı görevindeyken Konya Necmettin Erbakan Üniversitesi'nin kurucu rektörlüğüne atandı.^[2] Rektör olarak ikinci görev süresi tamamlanınca 10 Aralık 2018 tarihinde görevinden ayrıldı. Muzaffer Şeker, 15 Mayıs 2019 tarihinde cumhurbaşkanı tarafından TÜBA başkanlığına atandı.^[3]