Ернест Геккель виявив, описав і назвав тисячі нових видів, зробив карту генеалогічного дерева, що стосується всіх життєвих форм, і створив багато термінів в біології, зокрема тип, філогенез, екологія і царство Найпростіші. Геккель підтримував роботу Чарлза Дарвіна в Німеччині й розвивав спірний біогенетичний закон, що стверджує, що біологічний розвиток індивідуальних організмів, або онтогенез, є паралельним та підсумовує повний еволюційний розвиток різновидів, або філогенез: «Онтогенез є рекапітуляцією філогенезу».
Одним з відомих учнів професора Геккеля був український мандрівник Микола Миколайович Миклухо-Маклай. В 1866—1867 рр. він супроводжував ученого в кількох наукових експедиціях.
Бібліографія
«Die Radiolarien» (1862)
«Beiträge z. Naturgeschichte d. Hydromedusen» (1865)
«Generelle Morphologie d. Organismen» (2 вид., 1866)
«Ziele und Wege der heutigen Entwickelungsgeschichte» (1875)
«Arabische Korallen» (1876)
«Die Perigenesis d. Plastidule» (1876—1877)
«Die heutige Entwickelungslehre im Verhältniss zur Gesammtwissenschaft» (Штутгарт, 1877)
«Das Protistenreich etc. d. niedersten Lebewesen» (1878; в рос. перекл. «Царство протистов», СПб., 1881);
«Gesammelte populäre Vorträge etc.» (1878—1879)
«Das System der Medusen» (1880—1881)
«Ursprung und Entwickelung der tierischen Gewebe» (1884)
«Indische Reisebriefe» (2 вид. 1884, перекл. на рос. в «Заграничном Вестнике»)
«Die Radiolarien» (1887—1888)
«Report on the Radiolaria collected by H. M. Challenger» («Report Challenger», vol. 18, part. 40, 1888): «Report on the Deap-Sea Keratosa» (там же, Zoology, vol. 32, part. 82, 1888)
«System der Siphonophoren auf phylogenetischer Grundlage entworfen» («Jenaische Zeitschr.», т. 22, 1888)
«Report on the Siphonophora collected by H. M. Challenger» («Report Chall.», vol. 28, part. 77, 1888).
Рослини, названі на честь Геккеля
Aptenia haeckeliana (A.Berger) Bittrich ex Gerbaulet
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
