Заснований у 1955 році, «Котайк» один з найстаріших футбольних клубів Вірменії. У 1978 році клуб дебютував у 4-й зоні Другої лігичемпіонату СРСР. У 1984 році зайняв перше місце в своїй групі, після чого став переможцем фінальної частини турніру, завдяки цьому здобув путівку до Першої ліги СРСР. У 1985—1991 роках виступав у другому за силою дивізоні радянського чемпіонату.
У 1992 році був одним з учасників першого розіграшу незалежного чемпіонату Вірменії серед команд Вищої ліги. У 1995 році об'єднався з іншим клубом з Абовяна, «Бананц» (Єреван). У сезоні 1996/97 року команда дебютувала в єврокубках. У Кубку володарів Кубків в домашньому поєдинку «Котайк» переміг АЕК (Ларнака) з рахунком 1:0, але на виїзді з рахунком 0:5 поступився кіпріотам й припинив боротьбу в турнірі. Напередодні початку сезону 1998 року через фінансові проблеми клуб змушений був відмовитися від участі в національному чемпіонаті. Згодом відновив свої виступи в Другій лізі. У 2000 році зайняв 4-те місце, але через розширення Вищої ліги в сезоні 2001 року стартував в еліті вірменського футболу. У 2003 році брав участь у розіграші Кубка Інтертото. У 2005 році змінив свою назву на «Естеглал-Котайк».
У 2006 році футболісти команди довгий час не отримували зарплату і на знак протесту відмовилися від тренувань. Через 2 дні деякі борги були погашені. Однак клуб був позбавлений можливості взяти участь в розіграші Кубка країни-2006, оскільки абовянська команда не оплатила обов'язковий внесок.
У підсумку через фінансову кризу в 2006 році команда була змушена знятися з чемпіонату. І навіть після втручання президента клубу Артема Скуртовшвілі він був розформований.
У червні 2016 року вірменські інтернет-ресурси повідомили, що клуб повертається до професіонального футболу, при цьому він залучає до своїх лав значну кількість працівників з провінції Котайк під керівництвом Самвела Петросяна[1]. Після декількох зіграних матчів у Першій лізі Вірменії, клуб через фінансові труднощі був змушений припинити свої виступи в чемпіонаті.
Легенда: Іг — матчі, В — перемоги, Н — нічиї, П — поразки, ЗМ — забиті м'ячі, ПМ — пропущені м'ячі, +/- — різниця м'ячів, О — очки, червоний колір — пониження, зелений колір — пониження, фіолетивий колір — реорганізація, зміна назви клубу чи турніру