Заснований 4 вересня1983 року при підтримці Мексиканського інституту соціального страхування в штаті Дуранго. З сезону 1988/89 грає у вищому дивізіоні мексиканського чемпіонату. У фіналі зимового чемпіонату 1996 року перемогла «Некаксу» і здобула свій перший трофей. За перші десять років 21 століття «Лагуна» виграла два чемпіонати та в 2004 дійшла до 1/8 Кубка Лібертадорес.
У рейтингу найкращих клубів світу за версією IFFHS на 1 травня2012 клуб посідає 44-те місце.[1]
У фіналі клаусури 2012 року «Сантос Лагуна» переграв «Монтеррей». Обидві команди в цьому році грали і у фіналі ліги чемпіонів, але там сильнішим виявився суперник.