Перша згадка про Сілламяе, як поселення, де була розташована корчмаТор Брюгген, відноситься до 1502 року.
У 1700 році в Сілламяе були побудовані млин та гарний міст через річку.
Деякий час землі теперішнього міста входили до складу маєтку Вайвара, з якого пізніше виокремили Сілламягі. Повністю окремим господарством воно стало у 1849 році.
У 1869 році тут відпочивав російський композитор Петро Чайковський, а в 1891 році сюди приїхав відпочивати Іван Павлов і їздив сюди відпочивати щоліта протягом 25 років.
Економіка
Промисловість також відігравала значяну роль у курортному містечку Сілламяе.
У 1928 році в Сілламяе побудувал Естонський масляний консорціум, за допомогою шведського капіталу завод з переробки сланцю, електростанцію та невеликий порт.