Sự đối xử bất công đối với phụ nữ, vi phạm quyền phụ nữ cũng như việc bôi xấu, gièm pha, phỉ báng vai trò của phụ nữ (viết trong một bức thư gửi cho toàn bộ giới phụ nữ trên hoàn cầu vào ngày 10 tháng 7 năm 1995).[3][4][5][6]Hình ảnh Hitler bắt tay với các giáo sĩ Công giáo.
Sự hậu thuẫn, làm ngơ của Giáo hội trước các hành động diệt chủng của chế độ phát xít (16 tháng 3 năm 1998)[3][4][5][6]
Thừa nhận sai lầm của Giáo hội trong việc xử tử Jan Hus (18 tháng 12 năm 1999 tại Praha).[3][4][5][6]
Ngày 12 tháng 3 năm 2000, trong bài giảng tại Thánh lễ Ngày Tha thứ, Giáo hoàng đã xin Chúa tha thứ, thú nhận và xin lỗi trước đám đông về những tội lỗi mà người Công giáo đã thực hiện trong lịch sử[3][4][5][6] Tờ The Guardian xếp các tội lỗi đó thành bảy loại bao gồm:
1. Tội lỗi chung.
2. Tội lỗi gây ra nhân danh "chân lý".
3. Tội lỗi về việc gây chia rẽ giữa các tín đồ Ki-tô giáo.
4. Tội ác trong sách lược chống lại và bách hại người Do Thái.
5. Tội ác trong những hành động với ý muốn thống trị kẻ khác, với thái độ thù nghịch đối với các tôn giáo khác, không tôn trọng truyền thống văn hóa và tín ngưỡng của các dân tộc nhỏ, kém phát triển.
6. Tội ác về việc kì thị, không tôn trọng phụ nữ.
7. Tội về vi phạm những quyền căn bản của con người.
Ngày 20 tháng 11 năm 2001, Giáo hoàng đã gửi thư điện tử đầu tiên của mình có nội dung xin lỗi về các tội của Giáo hội đối với các vụ án lạm dụng tình dục trong giới Công giáo, đối với thế hệ bị đánh cắp trong cộng đồng người bản địa ở Úc, và về những hành động tàn ác của các nhà truyền giáo tại Trung Quốc trong quá khứ.[7]
