香港三育書院於1903年在中國廣州同慶坊（位於今北京路）創辦，初時稱為伯特利女校（The Bethel Girls' School），約於1905年增設益智男校（Yick Chi Boys' School），5年後易名為三育學校（Sam Yuk School）。
1915至1917年間，兩校先後遷往東山西牛尾，1922年兩校合併為一所稱為三育中學的男女校，一度於1927年改稱神道訓練院，部分學生遷往香港九龍菴由街（今福華街），開設華安學校，成為三育中學第一分校，於翌年遷回廣州。其後又於1935年改稱廣州三育研究社（Canton Training Institute）。
於1937年，日本侵華，學校遷至香港沙田陳樓，改稱華南三育研究社（South China Training Institute）。翌年，位於南京橋頭鎮之中華三育研究社[需要較佳来源]（China Training Institute）也因戰事決定到香港復校，於1938年與華南三育研究社在沙田合併，更名中華華南三育研究社（China and South China Training Institute），但在香港註冊時仍稱華南三育研究社。其後，學校獲香港政府批准以私產方式出售西貢清水灣道共1,374萬平方呎作為永久校址，首期建築於1939年完成，遷入新址後仍繼續與中華三育研究院合辦。
太平洋战争於1941年爆發，學校又遷回广东省老隆繼續校務，戰時仍然進行及發展教育工作。戰後由於香港的校舍仍然被英軍借用，未能即時遷回香港，臨時遷回廣州東山三育路（粤语：三育路），將「三育衛生食品廠」的建築物改建為臨時校舍，直至1947年才返回香港清水灣復校。戰後復校初期，仍然稱為「華南三育研究社」，但在1952年6月再次更名三育中學（Sam Yuk Middle School）[5]。
1962年，藉大專部成立將校名改為華南三育書院（South China Union College），附設中學部，隨後獲政府批准註冊成一所大專院校。
