然而,SDP40F型柴油机车投入运用不久之后,就发生了一系列涉及该型机车的列车脱轨事故,大多数事故都是发生在两台SDP40F型机车重联牵引而机后一位为行李车的列车上。虽然这些脱轨事故所造成的破坏十分轻微,但发生频率却令人忧虑。1974年至1976年美铁联同易安迪公司、美国铁路协会(英语:Association of American Railroads)、联邦铁路管理局等曾经对此进行了详细调查,并怀疑空心摇枕转向架和蒸汽锅炉水箱重量不平衡有可能是脱轨的元凶,但对于事故原因最终仍然无法得出确切的结论。与此同时,随着采用机车供电及电气供暖的美铁“美铁普运型铁路客车”投入运用,SDP40F型柴油机车所采用的蒸汽锅炉供暖已无法适应新一代铁路客车的牵引需要。最终,被这些问题困扰多时的美铁决定放弃SDP40F型柴油机车,改为采用更为可靠的F40PH型柴油机车。1977年至1987年间,美铁向易安迪公司陆续退回共132台SDP40F型柴油机车,并将其改造成相同功率等级的F40PHR型柴油机车。