法爾內塞家族絕嗣後波旁家族繼承了這些遺產,在費迪南多一世在位時期博物館的收藏遭遇了巨變,因拿破崙於18世紀末佔領了拿坡里,費迪南多一世倉皇地將部分館藏隨著他一起流亡至巴勒摩,拿破崙更將部分藏品運回巴黎,剩餘的館藏也於1806年被搬出宮殿並被安置在現今的拿坡里國立考古博物館,儘管歷經周折,在波旁王朝復辟後大部分館藏都被尋回,且由義大利各地陸續運送藝術品至此,其中聖瑪蒂諾修道院提供了超過350幅的畫作,大部分堪稱精品,之後博物館也持續收購許多畫作,其中較著名的為收購了斯特法諾·波吉亞(英语:Stefano Borgia)樞機的大量收藏及阿方索四世·德·阿瓦洛斯侯爵(Alfonso IV d'Avalos,1796-1862)的遺贈。[5]
Gaeta, Mattia. Museo di Capodimonte Napoli [那不勒斯卡波迪蒙特博物館]. 項妤譯. 南京: 譯林出版. 2015 [2005]. ISBN 9787544754484.
Mariella Utili e Barbara Maria Savy, Museo di Capodimonte - La Galleria Farnese: dipinti italiani, Napoli, Electa Editore, 1999, ISBN 978-88-435-8618-9.
0Umberto Bile e Maia Confalone, Museo di Capodimonte - La Galleria Farnese: le scuole europee, Napoli, Electa Editore, 1999, ISBN 978-88-435-8619-6.
Touring Club Italiano, Guida d'Italia - Napoli e dintorni, Milano, Touring Club Editore, 2008, ISBN 978-88-365-3893-5.