2005年7月的
港深邊界 ，中間的深圳河分隔開香港和深圳
福田口岸西侧的深圳河，桥梁右侧为香港落马洲支线管制站
1898年《展拓香港界址專條 》附圖中的深圳河 ，一度成為中英邊境界线 深圳河 （英語：Sham Chun River 、Shumchun River 、Shenzhen River ）又稱羅溪 、明溪 、滘水 ，隸屬珠江三角洲 水系，發源於梧桐山 ，流經深圳 市區和香港 ，自東北向西南流入深圳灣 ，出伶仃洋 。其中下游位於香港特別行政區和廣東省 深圳市之間，是香港與中國內地 的界河 。1997年中國收回香港前，深圳河河床即屬原英屬香港 之管轄範圍[ 1] 香港回歸 後中心線以北劃歸深圳市管轄。羅湖橋 和福田口岸 邊境大樓等等均橫跨於深圳河之上。此外，此邊界還有與之相連的沙頭角河 以及中英街 。
深圳河史稱罗溪、明溪、滘水，自1898年 《展拓香港界址專條 》起官方改為「深圳河」作為英國 租借香港新界 地區99年時期界限之界河 ，深圳河同時也是香港最長的河流。冷戰 時期，曾有大批中國居民經由深圳河逃港 ，因此也被喻為「中國柏林牆 」[ 2] [ 3] [來源可靠？ 或“東方柏林牆 」 [來源請求]
深圳河通常是指沙湾河 与莲塘河 汇合处——“三岔河”以下河段，深圳河干流上游一说为沙湾河，发源於牛尾岭 （位于龙岗区 南湾街道 甘坑以北处），一说为莲塘河，发源于梧桐山 南伯公坳（位于罗湖区与盐田区交界附近，與沙頭角河 幾乎是同一發源點）；由東北向西南流入深圳灣 ，出伶仃洋 ，全長37公里，流域面積為312.5平方公里，河道平均比降1.1%，水系分布呈扇形；其中深圳一側占六成，主要包括深圳市龙岗区 的布吉镇 、横岗镇 、平湖镇 和罗湖区 ，香港一侧占四成，主要是香港的渔农区。主要支流有深圳一側的布吉河 、福田河 、皇岗河 、新洲河 [ 4] 香港 一側的梧桐河 和平原河 。[ 5] [ 6] [ 7]
深圳河流域屬南亞熱帶季風海洋性氣候 ，雨量豐沛而集中。4至10月份為汛期 ，其中4至6月份為前汛期，後汛期為7至9月份。主要受災害性颱風 及熱帶低壓槽 影響，常伴有暴雨和暴風潮，加之城市化面積逐渐增加，使其具有產流快、滙流时間短的特點。風暴潮也會使深圳灣潮位抬高，導致深圳河宣泄不暢，兩岸發生洪水災害。
1980年代开始，深圳特区成立后城市发展，上千座工厂在深圳侧建起，百万人口涌入原本只有30万人口的区域，污水和垃圾污染问题日益严重。
自1995年起，深港两地开始着手治理深圳河，2000年后，深圳河历经3期河道治理，泄洪能力提高，深圳再未发生过大的洪涝灾害。
「深圳河治理工程 」由香港渠務署 和深圳市水务局 共同承担。基本分為三期，主要目標是改善香港北區 每逢雨季的水浸情況，其次是改善水質。第一、二及三期工程分別於1997年、2000年及2006年完成，前三期[ 註 1] 元朗區 和北區的水浸問題[ 8] 皇崗口岸 東面原來的曲流 （落馬洲河套區 ）劃入香港境內[ 9]
為配合莲塘口岸 ／香園圍管制站 發展，香港政府 已开始规划治理深圳河第四期工程。工程將會改善深圳河上游及蓮塘／香園圍口岸一帶的排洪能力使其能滿足新口岸的防洪標準，另外，河道治理工程需要遷移現有相關聯的邊界路及邊界保安設施。[ 10] 港元 於2012年3月展開前期工程，重置4.3公里邊境巡邏路，以配合往後的河道改善計劃；工程預計於2017年完成，屆時河段的防洪能力將會提升至可以抵禦50年一遇的暴雨。第4期工程治理約4.5公里長的相關河段，採用生態河道的設計概念，以修復和保護現有生態環境作為主要考慮，盡量保留天然河床和河道的自然走向，並且於河岸進行綠化，從而提高深圳河的生態價值[ 11]
2013年8月30日，香港特别行政区發展局 與深圳市人民政府 簽訂協議書，委託深圳市治理深圳河辦公室 管理和監督治理深圳河第4期工程的首份河道工程合約。第四期餘下的工程合約預計於同年年底批出。
