في شوال155 هـ/ 772م، استنابه والي مصرمحمد بن عبد الرحمن التجيبي بسبب مرضه، وبعد وفاته ولاه الخليفة العباسيأبو جعفر المنصور على مصر. وظل حاكماً عليها لمدة ستة أعوام وشهرين.[2] وجعل على شرطته أبا الصهباء محمد بن حسان الكلبي، وفي ولايته لما خرج عليه قبط مصر وتجمعوا بالقرب من رشيد عام 773م، فبعث موسى بعسكر فقاتلوهم حتى هزموهم وقتل منهم جماعة وعفا عن جماعة.[4]
كان يتوجه إلى المسجد ماشيًا وصاحب شرطته بين يديه يحمل الحربة، وكان إذا أقام صاحب الشرطة الحدود بين يديه يقول له موسى: «أرحم أهل البلاد»؛ وكان يحدث فيكتب الناس عنه. وعزله أبو عبد الله محمد المهدي عام 161 هـ/ 778م.[5] توفي سنة 163 هـ/780م بالإسكندرية.[2][6]
Kennedy، Hugh (1981). "Central Government and Provincial Élites in the Early 'Abbāsid caliphate". Bulletin of the School of Oriental and African Studies, University of London. ج. 44 ع. 1: 26–38. JSTOR:616294.
Khalifah ibn Khayyat (1985). al-Umari (المحرر). Tarikh Khalifah ibn Khayyat, 3rd ed. Al-Riyadh: Dar Taybah.