Der Verein wurde 1944 von Alfonso Sobero und Joaquin Diaz gegründet und 1944/45 für die neu eingeführte Fußball-Profiliga angemeldet. Dort bereits für die Spielzeit 1944/45 zugelassen, blieb der Puebla FC erstklassig bis zur Saison 1956/57. Nachdem es zu finanziellen Engpässen gekommen war, zog der Verein seine Mannschaft aus dem laufenden Spielbetrieb zurück, so dass die Liga in diesem Jahr mit nur 13 (statt 14) Teams beendet wurde. Puebla spielte fortan in der dritten Liga, bis 1964 der Aufstieg in die zweite Liga und 1970 schließlich die Rückkehr in die erste Liga gelang. Der Verein verblieb in der höchsten Spielklasse bis zum Sommer 2005, als die Mannschaft diesmal einen sportlichen Abstieg erlitt. Die nächsten beiden Spielzeiten verbrachte Puebla in der zweiten Liga und schaffte im Sommer 2007 die Rückkehr ins Fußballoberhaus, so dass man seit der Saison 2007/08 wieder Erstligaluft schnuppern darf.
