De retour à Trois-Rivières où il fréquente le campus local de l'Université du Québec, il se porte volontaire pour diriger l'équipe de junior B de la ville[1]. Après deux bonnes saisons, il est nommé à la tête des Draveurs de la LHJMQ, le contraignant à abandonner ses études[1]. Au cours de l'été suivant, il devient entraîneur-adjoint des Cataractes de Shawinigan mais quitte cette position peu de temps après pour celle d'entraîneur-chef des Olympiques de Hull[3], remplaçant Pat Burns qui a été recruté par les Canadiens de Montréal pour diriger leur club-école, les Canadiens de Sherbrooke de la LAH[6],[11]. Cette saison-là, Vigneault et son équipe remporte la Coupe du président, remise aux champions de la LHJMQ, en dominant en finale les Voltigeurs de Drummondville quatre victoires à trois, après avoir été menés trois manches à une[12],[11]. Par la suite, les Olympiques disputent la Coupe Memorial où ils sont éliminés en demi-finales. Vigneault est nommé entraîneur de la première équipe d'étoiles de la LHJMQ[13] et reçoit le Trophée d'entraîneur de l'année, remis pour la première fois par la Ligue canadienne de hockey. Il continue de diriger les Olympiques pendant quatre saisons supplémentaires, l'équipe se qualifiant à chaque reprise pour les séries[14], et est nommé entraîneur de la seconde équipe d'étoiles de la LHJMQ en 1991 et 1992[15].
Avec sa nouvelle équipe, il devient l'un des assistants de Rick Bowness. Pour ses trois premières saisons, l'équipe néophyte termine à chaque fois dernière de la ligue[19],[20],[21]. Bien que le début de la campagne 1995-1996 soit leur meilleur avec six victoires en onze parties[22], les Sénateurs enregistrent ensuite une série de huit défaites consécutives[23] et les deux entraîneurs sont renvoyés le [24]. Le , Vigneault retourne en LHJMQ où il prend les rênes des Harfangs de Beauport[3]. Cette saison-là, les Harfangs finissent premiers de la division Dilio[25]. Par la suite, ils atteignent la finale mais s'inclinent face aux Prédateurs de Granby quatre victoires à une[26]. L'année suivante, Vigneault et Beauport se qualifient de nouveau pour les séries où ils sont éliminés dès le premier tour[27].
Les Canadiens de Montréal
Le , Vigneault retrouve la LNH avec les Canadiens de Montréal dont il devient l'entraîneur-chef en remplacement de Mario Tremblay[3],[28]. Sous sa direction, les Canadiens font un excellent début de saison 1997-1998, étant en tête de la division Nord-Est à la fin novembre. Cependant, une fin de campagne marquée par des blessures les contraignent à finir quatrième de leur division et septième de l'association de l'Est, les assurant une place en séries. Au premier tour, ils créent la surprise en éliminant les Penguins de Pittsburgh, vainqueurs de la division Nord-Est en six manches. Au tour suivant, ils doivent s'incliner quatre victoires à rien face aux Sabres de Buffalo[29].
La seconde saison dans la métropole québécoise est plus difficile. Au mois de décembre, les Habs enregistrent onze matchs consécutifs sans victoire. Les départs en mars de deux joueurs-clé de l'équipe, Mark Recchi et Vincent Damphousse, n'y aidant pas, ils terminent derniers de la division et manquent les séries[30].
L'édition 1999-2000, est tout aussi chaotique que la précédente, avec un effectif réduit en raison de nombreuses blessures. Lors des dernières semaines de la saison régulière, l'espoir renaît et Montréal fait une remontée au classement avant de finalement échouer à deux points d'une qualification pour les séries[31]. Cela vaut à Vigneault une nomination pour le trophée Jack-Adams du meilleur entraîneur de la ligue[28], finalement remporté par Joel Quenneville des Blues de Saint-Louis[32].
Le , Vigneault devient l'un des recruteurs professionnels pour les Blues de Saint-Louis, une position qu'il conserve jusqu'en [3]. Le jour de l'an 2003, il fait son retour en LHJMQ lorsqu'il est nommé à la tête du Rocket de Montréal en remplacement de Gilbert Delorme[34]. L'équipe finit troisième de la division Ouest avant d'être éliminés au premier tour[35]. Au cours de l'été suivant, l'équipe déménage à Charlottetown, devenant le Rocket de l'Île-du-Prince-Édouard. Dans leur nouvel environnement, Vigneault et l'équipe termine troisième de la division Atlantique[36]. Au cours des séries, ils se font sortir au second tour par les futurs finalistes, les Wildcats de Moncton[37]. La saison suivante est plus difficile et l'équipe manque les séries[38].
Le , bien qu'il vient de signer un contrat de cinq ans avec le Rocket quelques mois auparavant, Vigneault quitte la LHJMQ pour devenir l'entraîneur-chef du Moose du Manitoba de la Ligue américaine de hockey (LAH), le club-école des Canucks de Vancouver[39]. Cette saison-là, l'équipe de Winnipeg se classe troisième de la division Nord avec 100 points[40]. Au premier tour des séries, ils éliminent le Crunch de Syracuse en quatre victoires à deux avant de se faire sortir par les Griffins de Grand Rapids au tour suivant en sept parties[41].
Les Canucks de Vancouver
Cette section est vide, insuffisamment détaillée ou incomplète. Votre aide est la bienvenue ! Comment faire ?
Les Rangers de New York
Cette section est vide, insuffisamment détaillée ou incomplète. Votre aide est la bienvenue ! Comment faire ?
Les Flyers de Philadelphie
Cette section est vide, insuffisamment détaillée ou incomplète. Votre aide est la bienvenue ! Comment faire ?
En 2019, il devient entraineur des Flyers de Philadelphie. Le 6 décembre 2021, il est congédié avec l'entraineur adjoint Michel Therrien[42].