Le , son père est assassiné à Besançon à l'âge de 30 ans. Sa fille aînée Jeanne 1re lui succède comme comtesse de Bourgogne à l'âge de 9 ans, mais elle meurt en 1205, âgée seulement de 14 ans. Béatrice devient alors comtesse de Bourgogne.
La comtesse Béatrice II de Bourgogne meurt en 1231, à l'âge de 40 ans.
Succession
Le , son mari Othon II de Bourgogne meurt, leur fils Othon III lui succède comme comte palatin de Bourgogne. En 1248, lorsque le comte Othon III meurt à son tour sans héritier, le comté échoit à sa sœur, la comtesse Alix Ire.